若想要標記凋亡細胞，只需靜脈注射此探針，讓其在體內循環。當探針遇上激活的caspase時，反應性的半*與caspase異源二聚體的大亞基之間形成不可逆的共價鍵。結合的探針保留在細胞內，直至細胞膜損傷，逐漸損失較大的蛋白。未結合的探針就會被動物的循環系統快速清除，但會在肝臟中保留3-4小時，并積累在膀胱和糞便中，直至排出。動物體內剩下的信號就是對caspase活性的直接測定。有了直接的in vivo標記，探針才能真正代表實驗條件所引起的凋亡，而不是組織的體外操作所引起的凋亡。
探針的活體使用對藥物測定研究很有價值，因為通過活體動物的熒光成像可測定藥物反應性所引起的凋亡水平升高或降低。凋亡水平的升高使得粘附的探針更多，因此熒光強度增加。此外，活體技術避免了從動物上取出細胞和組織的需要，這會進一步誘導凋亡。
DyLight 690和DyLight 747細胞凋亡體內檢測試劑盒中的探針大約能夠注射10只小鼠，價格為4430元。賽默飛世爾也提供DyLight 690和DyLight 747體內對照試劑，價格為2780元，也可以使用10次。索取資料
膜檢測
Sigma-Aldrich公司也推出了一款Apo-TRACE體內凋亡檢測試劑盒，不過是檢測凋亡中的膜變化。此款產品能實現凋亡細胞的體內染色和Apo-TRACE累積的定量分析。
Apo-TRACE是一種無毒的有機小分子，屬于ApoSense™低分子量化合物家族中的一員。ApoSense化合物對膜電位改變和磷脂紊亂作出反應，這些也是早期凋亡的特征。一旦注入體內，化合物即可標記凋亡細胞。Apo-TRACE化合物具有固有的熒光特性（328 nm激發，563 nm發射），并在活體內凋亡細胞的膜上積累。通過測定器官或組織中細胞上積累的熒光染料，即可定量評估凋亡細胞。由于大部分抗癌療法都通過誘導凋亡而起作用，故Apo-TRACE的染色可指示療法是否有效。