無(wú)色桿菌屬通用PCR檢測(cè)試劑盒實(shí)驗(yàn)原理

【資料簡(jiǎn)介】

無(wú)色桿菌屬通用PCR檢測(cè)試劑盒說(shuō)明書(shū)

 

1、 試劑盒簡(jiǎn)介

病魚(yú)因肝臟、脾臟、腎臟造血組織和其他組織壞死而導(dǎo)致死亡。易感動(dòng)物主要為赤鱸、虹鱒等種類，其中，赤鱸對(duì)該病毒極為敏感，幼魚(yú)和成魚(yú)都可受 EHNV 感染。EHNV 屬于虹彩病毒科蛙病毒屬（除新加坡石斑魚(yú)虹彩病毒之外）病毒，本公司針對(duì)蛙病毒屬的流行性造血器官壞死病毒( epizootic haematopoietic necrosis virus, EHNV)等病毒的主衣殼蛋白( MCP) 基因序列，開(kāi)發(fā)了本試劑盒。應(yīng)用本試劑盒進(jìn)行檢測(cè)具有快速、靈敏、特異、準(zhǔn)確 、安全、操作簡(jiǎn)單、應(yīng)用廣泛等特點(diǎn)及優(yōu)點(diǎn)。

2、 試劑盒組成

 

試劑盒組成包括核酸提取試劑和核酸擴(kuò)增試劑，具體組成參見(jiàn)表 1：

表 1：試劑盒組成（50test/盒）

試劑盒組成成分 體積

核酸提取試劑： 樣品 DNA 提取液 1

樣品 DNA 提取液 2 5ml×1 管

500µl×1 管

核酸擴(kuò)增試劑： DEPC 水

EHNV 熒光 PCR 反應(yīng)液

Taq 酶(5U/ul) 陰性對(duì)照

EHNV 熒光陽(yáng)性對(duì)照 5ml×1 管

750µl×1 管

40µl×1 管

1ml×1 管

1ml×1 管

*無(wú)色桿菌屬通用PCR檢測(cè)試劑盒說(shuō)明書(shū)保存條件：樣品 DNA 提取液 1、2 和試劑盒須在-20℃保存。

3、 樣本采集，存放及運(yùn)輸

 

樣本采集

 

采集活的或?yàn)l死的魚(yú)的腎或脾等組織，研磨PBS稀釋后提取核酸。或?qū)⒓?xì)胞培養(yǎng)分離病毒的有CPE 的細(xì)胞懸液提取核酸病毒。

存放

 

研磨后的樣本在 2 ℃—8 ℃條件下保存應(yīng)不超過(guò) 24 h；-70 ℃以下可保存，但應(yīng)避免反復(fù)凍融（zui多凍融 3 次）。

運(yùn)輸

 

采用冰或泡沫箱加冰密封進(jìn)行運(yùn)輸。

4、 檢測(cè)步驟

 

DNA 無(wú)色桿菌屬通用PCR檢測(cè)試劑盒說(shuō)明書(shū)核酸提取操作方法(在樣本處理區(qū)進(jìn)行)：

取 n 個(gè) 1.5ml 滅菌 Eppendorf 管，其中 n 為待檢樣品數(shù)、一管陽(yáng)性對(duì)照和一管陰性對(duì)照之和， 對(duì)每個(gè)管進(jìn)行編號(hào)標(biāo)記。

每管加入 100 µl DNA 提取液 1，然后分別加入待測(cè)樣本、陰性對(duì)照和陽(yáng)性對(duì)照(陽(yáng)性對(duì)照吸取前充分混勻)各 100µl，一份樣本換用一個(gè)吸頭；混勻器上震蕩混勻 5 s,于 4℃～25℃條件下， 12 000 r/min 離心 10 min。

盡可能吸棄上清且不碰沉淀，再加入 10µl DNA 提取液 2，混勻器上震蕩混勻 5s,于 4℃～25℃ 條件下，2 000 r/min 離心 10 s。

100℃ 干浴或沸水浴 10 min；加入 90µl DEPC 水，12 000 r/min 離心 10 min，吸取上清， 即為提取的 DNA，冰上保存待用（提取的 DNA 需在 2 h 內(nèi)進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增或放置于-70℃冰箱內(nèi)保存）。

熒光 PCR 檢測(cè)

擴(kuò)增試劑準(zhǔn)備（在反應(yīng)混合物配制區(qū)進(jìn)行）：

從試劑盒中取出熒光 PCR 反應(yīng)液、Taq 酶，2000×g 離心 5 秒鐘。每個(gè)樣品測(cè)試反應(yīng)體系配制見(jiàn)下表 2。

表 2 每個(gè)樣品測(cè)試反應(yīng)體系配制表

 

試劑 熒光 PCR 反應(yīng)液 Taq 酶 合計(jì)

用量 14.5 μL 0.5μL 15μL

 

加樣（樣本處理區(qū)進(jìn)行）：

向每個(gè)PCR 管中各分裝15μL 的混合液，再分別加入樣本DNA 模板10μL，蓋緊管蓋，500 r/min

離心 30 s。

熒光 PCR 檢測(cè)（在檢測(cè)區(qū)進(jìn)行）： 循環(huán)條件設(shè)置：

一階段，94 oC /4 min；

第二階段，95oC/15 s，60 oC/60 s； 40個(gè)循環(huán)；在每次循環(huán)的60 oC退火延伸時(shí)收集熒光。試驗(yàn)檢測(cè)結(jié)束后，根據(jù)收集的熒光曲線和Ct值判定結(jié)果。

5、 結(jié)果判定

結(jié)果分析條件設(shè)定

直接讀取檢測(cè)結(jié)果。閾值設(shè)定原則根據(jù)儀器噪聲情況進(jìn)行調(diào)整，以閾值線剛好超過(guò)正常陰性樣品擴(kuò)增曲線的zui點(diǎn)為準(zhǔn)。

質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)

5.2.1陰性對(duì)照無(wú)Ct值或無(wú)擴(kuò)增曲線。

5.2.2陽(yáng)性對(duì)照的Ct值應(yīng)<28.0，并出現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲線。否則，此次實(shí)驗(yàn)視為無(wú)效。

無(wú)色桿菌屬通用PCR檢測(cè)試劑盒說(shuō)明書(shū)結(jié)果描述及判定

5.3.1陰性

無(wú)Ct值或無(wú)擴(kuò)增曲線，示樣品中無(wú)EHNV核酸。

5.3.2陽(yáng)性

Ct值≤30，且出現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲線，示樣品中存在EHNV核酸。為進(jìn)一步確診是EHNV，建議用普通PCR進(jìn)行確認(rèn)或測(cè)序。

5.4 有效原則

Ct>30的樣本建議重做。重做結(jié)果無(wú)數(shù)值者為陰性，否則為陽(yáng)性。

6、相關(guān)技術(shù)信息

MCP-153F: 5’-TCACCAAGCTGCCGTCTCT-3’ MCP-215R:5’-AAAACTGCTGCCCGAAAGC-3’

MCP-175T: (FAM)5’-CGCCAAGATGTCGGGCAACCC-3’(TAM