原位雜交結(jié)合免疫組織化學(xué)技術(shù)主要用于在同一細(xì)胞內(nèi)同時(shí)或先后檢測(cè)特定基因在核酸和蛋白質(zhì)或多肽水平的表達(dá)，這樣不僅能了解基因表達(dá)，而且還能研究某種基因表達(dá)的翻譯和轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)。如果免疫組織化學(xué)檢測(cè)的抗原成分是與原位雜交的靶核酸不同基因編碼的蛋白質(zhì)或多肽等，那么同時(shí)使用原位雜交和免疫組織化學(xué)技術(shù)可研究一種基因的轉(zhuǎn)錄與另一種基因編碼的蛋白質(zhì)合成之間的相互關(guān)系。在病毒學(xué)研究中，將原位雜交與免疫組織化學(xué)相結(jié)合，可在細(xì)胞水平上同時(shí)研究病毒基因及其表達(dá)產(chǎn)物——即病毒抗原的分布。如果將檢測(cè)病毒基因的原位雜交與檢測(cè)細(xì)胞類(lèi)型特異性抗原的免疫組織化學(xué)相結(jié)合，則可鑒別受染細(xì)胞的類(lèi)型，尤其對(duì)在含多種細(xì)胞類(lèi)型的組織（如神經(jīng)組織）中確定受染細(xì)胞的類(lèi)型更有幫助。總之，原位雜交和免疫組織化學(xué)結(jié)合的雙標(biāo)記技術(shù)在深入研究基因表達(dá)的調(diào)控以及病毒性疾病的發(fā)病機(jī)制等方面具有廣闊的應(yīng)用前景。
原位雜交結(jié)合免疫組織化學(xué)技術(shù)可以分別在相鄰的連續(xù)切片上進(jìn)行。只要在相鄰切片上能得到同一細(xì)胞的連續(xù)切面。對(duì)照觀察相鄰切片上同一細(xì)胞切面原位雜交和免疫組織化學(xué)結(jié)果，就可以判斷在同一細(xì)胞內(nèi)是否存在特定的靶核酸DNA或RNA和由該基因或另一種基因編碼的蛋白質(zhì)或多肽。
原位雜交結(jié)合免疫組織化學(xué)技術(shù)更多的是在同一細(xì)胞標(biāo)本或組織切片上進(jìn)行，這樣可避免因相鄰切片法觀察時(shí)不易找到同一細(xì)胞的切面而產(chǎn)生的空間誤差和樣本誤差。但采用同一切片的雙標(biāo)記技術(shù)時(shí)。*次標(biāo)記染色過(guò)程總要或多或少地影響第二次標(biāo)記染色的結(jié)果，使第二次染色結(jié)果不很理想。
在同一細(xì)胞和切片標(biāo)本上進(jìn)行原位雜交和免疫組織化學(xué)雙標(biāo)記時(shí)，可以先用原位雜交檢測(cè)核酸，也可以先用免疫組織化學(xué)檢測(cè)蛋白質(zhì)。不同的檢測(cè)程序各有其優(yōu)缺點(diǎn)。
1．原位雜交在先 細(xì)胞和切片標(biāo)本先用核酸探針做原位雜交，檢測(cè)DNA或mRNA，接著再進(jìn)行免疫組織化學(xué)反應(yīng)。檢測(cè)抗原成分。原位雜交可用放射性核素標(biāo)記探針，也可用非放射性標(biāo)記物標(biāo)記探針，免疫組織化學(xué)可用ABC法等。先做原位雜交，尤其是RNA原位雜交標(biāo)本中的mRNA丟失較少，雜交信號(hào)較強(qiáng)。但是，在原位雜交的操作過(guò)程中，可能會(huì)影響抗原物質(zhì)的抗原性，會(huì)減弱免疫組織化學(xué)的染色強(qiáng)度。
標(biāo)本先做原位雜交，操作步驟基本上按單做原位雜交的程序進(jìn)行。只是由于雜交前的蛋白酶消化會(huì)改變蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)，從而導(dǎo)致抗原性改變，所以應(yīng)用時(shí)要小心，蛋白酶消化的時(shí)間要適度，不可過(guò)長(zhǎng)。雜交和洗滌的溫度不要超過(guò)45~C，雜交溫度過(guò)高會(huì)導(dǎo)致抗原物質(zhì)變性。
如用放射性核素標(biāo)記探針進(jìn)行原位雜交，放射自顯影可在雜交反應(yīng)后立即進(jìn)行，也可在免疫組織化學(xué)反應(yīng)完成后進(jìn)行。如在放射自顯影完成后再進(jìn)行免疫組織化學(xué)染色，組織標(biāo)本上的核乳膠薄膜可能會(huì)影響抗體分子的穿透。
如用地高辛標(biāo)記的非放射性核素探針進(jìn)行原位雜交與免疫組織化學(xué)雙標(biāo)記，可在雜交反應(yīng)后將原位雜交檢測(cè)核酸的抗地高辛抗體（Fab’段）與免疫組織化學(xué)檢測(cè)蛋白或多肽的*抗體混合在一起，一同孵育標(biāo)本。之所以?xún)煞N抗體能相混合同時(shí)孵育標(biāo)本，是因?yàn)闄z測(cè)核酸的抗地高辛抗體只有Fab’段，不具有抗體抗原決定簇的Fc段，而檢測(cè)蛋白或多肽的免疫組織化學(xué)程序中的第二抗體是以其Fab’段與*抗體的Fc段結(jié)合而反應(yīng)的，不能與抗地高辛抗體結(jié)合，因此，原位雜交中的抗體與免疫組織化學(xué)中的抗體混合孵育標(biāo)本不會(huì)產(chǎn)生交叉結(jié)合。這兩種抗體混合孵育標(biāo)本可明顯縮短原位雜交和免疫組織化學(xué)結(jié)合的雙標(biāo)記實(shí)驗(yàn)周期。
2．免疫組織化學(xué)在先 細(xì)胞和切片標(biāo)本先用特異性抗體經(jīng)免疫組織化學(xué)檢測(cè)其中的相應(yīng)抗原成分．接著用核酸探針做原位雜交，顯示同一細(xì)胞或標(biāo)本內(nèi)的DNA或mRNA。免疫組織化學(xué)技術(shù)多用ABC法，顯色劑可用DAB、PPD（Para-phenylenediamine）或AEC（3—amino-9—ethyl-carbazole）。當(dāng)與放射性核素的原位雜交結(jié)合時(shí)，DAB或PPD顯色所呈的棕褐色或棕黑色陽(yáng)性產(chǎn)物在隨后的原位雜交的操作過(guò)程中比較穩(wěn)定，不會(huì)褪色。如果用AEC作顯色劑，陽(yáng)性產(chǎn)物呈紅色，它與原位雜交放射自顯影的陽(yáng)性信號(hào)黑色銀粒對(duì)比更加鮮明，易于在同一細(xì)胞內(nèi)分辨出來(lái)。但由于AEC的陽(yáng)性產(chǎn)物能溶于乙醇等有機(jī)溶劑，因此在隨后的原位雜交操作過(guò)程中不能用乙醇脫水，可代之以空氣干燥。
免疫組織化學(xué)若與*或地高辛等非放射性標(biāo)記探針的原位雜交相結(jié)合。在選擇檢測(cè)系統(tǒng)時(shí)應(yīng)考慮到兩個(gè)系統(tǒng)之間是否存在相互干擾。再者，在選用顯色劑時(shí)，免疫組織化學(xué)和原位雜交zui終的兩種成色陽(yáng)性產(chǎn)物應(yīng)易于分辨。
*行免疫組織化學(xué)反應(yīng)。后進(jìn)行原位雜交。通常抗原能較好地顯示，但靶核酸有可能在進(jìn)行免疫組織化學(xué)的過(guò)程中易于遭到破壞。當(dāng)靶核酸是mRNA時(shí)，則要求整個(gè)免疫組織化學(xué)染色過(guò)程必須在無(wú)RNA酶的條件下進(jìn)行。

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