中藥材生產科技水平較為落后，種植方法較為原始，缺乏中藥材生產管理規范是主要問題。主要表現在以下四方面：
 

　　種子種苗的提純復壯和優良種品選育工作滯后，造成中藥材的質量不穩定
 

　　由于大多數藥用植物引種栽培歷史較短，因此保留著許多野生性狀，目前栽培的中藥材種質混雜，表現為種內變異的多樣性。種子種苗的提純復壯和優良品種選育工作不及時，是造成中藥材質量極不穩定的主要原因。
 

　　 中藥材中農藥殘留、有害重金屬含量超標
 

　　在栽培過程，中藥材往往遭受到多種病蟲病的危害，直接影響中藥材的產量和質量，造成重大經濟損失。1997年國家中醫藥局組織有關單位對中藥材植保問題開展調研，調研結果認為藥用植物病蟲害防治是中藥材生產中zui為薄弱的環節。病蟲害種類多、危害重、損失大，由于藥農對農藥缺乏有關常識，濫用、誤用農藥問題突出。中藥材中的農藥殘留問題，直接影響人體健康，阻礙中藥走向市場。
 

　　環境污染，某些中藥材生長地區受到工業廢液、廢氣等嚴重污染；某些地區土壤含有砷、鉛等有害元素，有些中藥材在生長過程中富集這些有害元素。這兩個主要原因導致重金屬含量超標。
 

　　不合理的開發利用，野生資源消耗速度過快
 

　　當前對野生中藥材資源保護措施不力，受價格和市場等因素的影響，常遭掠奪性開發，導致毀滅性破壞，如肉蓯蓉、川貝母、石斛、穿龍薯蕷，冬蟲夏草等，由于環境惡化，生態平衡失調，有些藥用植物分布區域縮小，甚至減少到物種滅絕的邊緣。
 

　　中藥材栽培、加工技術不規范
 

　　對道地藥材的開發和利用不充分，大宗藥材的種植缺乏嚴格的規程，生產管理粗放產量低、質量差的現象較為普遍。