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細胞支原體污染的PCR檢測

時間:2016-10-12閱讀:816
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支原體菌株來源:M.Arginini ATCC23838 支原體,M.FermentaneATCC19989發酵支原體 ,M.SalivariumATCC23064唾液支原體 ,M.HominisATCC23114人型支原體 ,M.OraleATCC23714口腔支原體 ,M.HyorhinisATCC29052豬鼻支原體。其共同引物序列來自16s和23s保守區域,外部引物為F1 5′-ACACCATGGGAGCTGGTAAT-3′,R1 5′-GTTCATCGACTTTCAGACCCAAGGCAT-3′;內部引物為 F2 5′-GTTCTTTGAAAACTGAAT-3′,R2 5′-GCATCCACCAAAAACTCT-3′。

PCR反應體系和條件:10×緩沖液(10mMTris-HCl、500mMKCl、20mMMgCl2、0.01%明膠)、PrimerF1、R1、F2、R2的濃度為2nmol/μL、2.5mMd NTPs、Taq酶、H2O、石蠟油覆蓋。反應溫度和時間為:94℃/2min預變性、94℃/30s變性、55℃/1min退火、72℃/1min延伸,循環30次后72℃延伸5min。第1次PCR反應取模板10μL,第2次PCR反應以第1次PCR擴增產物為模板取1μL。

下面有更詳細的:

污染測試--支原體 : PCR方法
原理:
利用具特殊專一性之primers,經由PCR反應來復制mycoplasma DNA。所用之primers來自mycoplasma之conserved 16S-23S rRNA序列,由于此段spacer之序列依mycoplsma種類不同而不同,因此可依所復制之DNA大小及其restriction fragment大小差異來作偵測與鑒定。
特點:靈敏(e.g. 0.1~1.6 CFU / 5 ul sample) 與快速(一天)。可偵測不易培養之mycoplasma (e.g. M. hyorhinis)。不需培養mycoplasma作為正反應對照組,避免可能之污染。
缺點︰pcr反應很靈敏,易有偽陽性結果。此方法尚在評估中,故結果僅作為參考和內部品管之一部份。
材料與設備:
ATCC mycoplasma detection kit:可作50~100 reactions.
提供1st stage primer mixture與2nd stage primer mixture
positive control DNA (A. laidlawii ; M. pirum)
PCR reagents :
Taq polymerase ( 5 U / ul )
dNTP( dGTP, dCTP, dTTP, dATP, 1.25 mM each )
10x PCR buffer (with 1.5mM MgCl2)
25mM MgCl2
sterile ddH2O
Machine / Equipment:
PCR thermal cycler
agarose電泳設備
DNA電泳膠體觀察設備
無菌PCR反應管
無菌1.5 ml微量離心管
無菌2ul, 20ul, 200ul, 1000ul Tips/ Pipetmans
方法:
此PCR反應是一種nested PCR,包括2階段PCR反應,1st stage PCR結束后,取其反應物作2nd stage PCR,然后取2nd PCR產物作agarose gel electrophoresis,依DNA band之有無及片段大小來分析結果。
結果:使用UV light觀察,并照相記錄。 

不過應用較多還是巢式PCR

方法:
此PCR反應是一種nested PCR,包括2階段PCR反應,1st stage PCR結束后,取其反應物作2nd stage PCR,然后取2nd PCR產物作agarose gel electrophoresis,依DNA band之有無及片段大小來分析結果。
結果:使用UV light觀察,并照相記錄。


方法再詳盡點:

3.1 1st stage PCR reaction(total volume 25 ul):
3.1.1 測試樣品 ( 2 ul / each )
3.1.1.1 直接取樣測試細胞之培養液。
3.1.1.2 Positive control : mycoplasma DNA ( A. laidlawii ; M. pirum )
3.1.1.3 Negative control : ddH2O 
3.1.2 Reaction mixture ( 23 ul / each )
3.1.2.1 10x PCR buffer (含1.5 mM MgCl2 ) 2.5 ul
3.1.2.2 1st stage primer mixture 0.5 ul
3.1.2.3 dNTP ( 1.25 mM each ) 1.0 l
3.1.2.4 MgCl2 ( 25 mM ) 0.5 ul

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