Bal31核酸酶是由海生菌(Alteromonas espeliana)提取的。該酶具有高度特異的單鏈脫氧核糖核酸內切酶活性，也可在缺口或超螺旋卷曲瞬間出現的單鏈區域降解雙鏈環狀DNA或在3′或5′端，漸進地降解雙鏈線性DNA。Bal 31核酸酶具有核糖核酸酶活性，能降解rRNA和tRNA。該酶反應需要Ca2+和Mg2+為輔助因子。Ca2+的特異螯合劑EDTA可終止該酶的水解反應。Bal 31核酸酶主要用途：①用于不同長度的刪除突變克隆實驗及基因結構、機能分析，②繪制DNA限性內切圖譜，③研究超螺旋DNA的二級結構和致畸劑引起的雙鏈DNA螺旋結構變化。
s1核酸酶降解單鏈DNA或RNA(Vogt et al.1973)，產生帶5"磷酸的單鏈核苷酸或寡核苷酸。雙鏈DNA、雙鏈RNA及DNA-RNA雜交體對此酶相對不敏感。然而如果所用S1核酸酶的酶量非常大，則雙鏈核酸可被*消化。中等量的S1核酸酶可在切口或小缺口處切割雙鏈核酸(Kroeker and Kowalski 1978)。
用途
(1)分析DNA-RNA雜交體的結構(Berk and Sharp 1977，Favaloro et al.1980)。
(2)去除dna片段中突出的單鏈尾以產生平端。
(3)打開雙鏈cDNA合成中產生的發夾環。
