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引物設計的原理與程序

時間:2016-1-5閱讀:672
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一、設計原理
1.選擇合適的靶序列:設計引物之前,必須分析待測靶序列的性質,選擇高度保守、堿基分布均勻的區域進行引物設計。
2.長度:一般來說,寡核苷酸引物長度為15-20bp.
3.Tm值:引物的Tm值一般控制在55-60℃,盡可能保證上下游引物的Tm值一致,一般不超過2℃。若引物中的G+C含量偏低,則可以使引物長度稍長,而保證一定的退火溫度。
4.(G+C)含量:有效引物中(G+C)的比例一般為40~60%。 
5.堿基的隨機分布:引物中四種堿基的分布是隨機的,不存在聚嘌呤和聚嘧啶,尤其在引物的3’端不應超過3個連續的G或C.
6.引物自身:引物自身不存在連續4個堿基以上的互補序列,如回文結構,發夾結構等,否則會影響到引物與模板之間的復性結合,尤其避免3’末端的互補。

二、引物設計操作流程
序列下載 

同源性比較 

引物設計篩選

1.序列查找 
根據所需檢測的病原體或者待檢特定基因,序列。
引物設計的原理與程序
2、同源性比較 主要有兩種方法 

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