一．基本原理 
1.pcr反應動力學 
右圖為PCR反應曲線（橫坐標為循環數，縱坐標表征產物量），不同的曲線代表初始模板量不同的 PCR反應。PCR反應的動力學公式為： 
Cn=C0(1+E)n 
其中C0和Cn分別為初始模板和n循環的拷貝數，n為循環數，E為擴增效率（0≤E≤1），理想狀態下（即每個循環中所有模板均與引物結合并等到擴增），E為1。 
實時定量PCR技術綜述

由上圖可知，只有在線性區段E值才為定值，這樣才能通過檢測Cn定量C0，由于終點檢測不能保證在線性區段，所以重復性不好，實時檢測（每個循環檢測一次）技術解決了這個問題。 
2.定量pcr原理 
實時定量PCR技術綜述定量pcr是將待測標本與一系列濃度（C0）已知的標準品在同一條件下共同擴增，并進行實時檢測，根據標準品的檢測值及已知的C0值作出標準曲線，如右圖（橫作標為的C0對數值），再根據待測標本的檢測值在標準曲線上查到待測標本的C0值。 
3.信號產生 
目前定量PCR技術信號產生都是基于FRET (fluorescence resonance energy transfer)的原理，即在一定波長的光激發下，一個熒光基團A發光，并且被鄰近的另一個熒光基團B吸收，使熒光基團B發光。如檢測熒光基團A，應在FRET消除后；如檢測B，則應在FRET發生時檢測。 
根據信號產生方式的不同可將定量PCR技術分為三類：TaqMan Probes技術；Hybridization Probes技術；Molecular Beacons技術。 
TaqMan Probes技術（右圖A）是Perkin 實時定量PCR技術綜述Elmer公司1995年研制，利用熱穩定DNA聚合酶5’→3’外切酶活性，將TaqMan 探針5’端熒光基團切去，使之與3’端熒光基團分離、熒光淬滅消失，在特定波長下檢測5’端熒光基團即可表征PCR產物的量。
Hybridization Probes技術（右圖B）是Roche公司建立的，PCR反應退火過程中，兩個探針與模板雜交（相鄰一個堿基），發生FRET，這時檢測第二個熒光基團即可表征PCR產物的量。Hybridization Probes技術要求熱穩定DNA聚合酶不具備5’→3’外切酶活性，而是在引物延伸過程中被取代，使探針可在下一循環再與模板雜交，如探針被降解，可導致定量不準。

Molecular Beacons技術（上圖C）利用莖環結構的探針，當形成莖環結構時，發生熒光淬滅，退火過程中，探針與模板雜交，熒光淬滅消失，在特定波長下檢測5’端熒光基團即可表征PCR產物的量。