限制和修飾現象在上個世紀中期被人們所發現，到 2005年1月，已經發現 4342 種限制酶和甲基化酶，其中限制酶有 3681 種。限制性內切酶有特定的識別位點和切割位點，切割后可產生平末端或粘性末端。酶切有標準的反應體系，受末端長度的影響，有位點偏愛性，在非標準條件下會產生星星活性。通過酶切連接可以增減酶切位點，酶切位點在基因組中的分布是不均勻的。大腸桿菌有三種甲基化酶和三種依賴于甲基化的限制系統。甲基化對限制酶切影響。基因操作常用的 DNA 聚合酶有大腸桿菌 DNA 聚合酶Ⅰ，T4、T7 DNA 聚合酶以及末端轉移酶。為滿足工作需要，還開發有 Klenow DNA 聚合酶，耐熱 DNA 聚合酶以及反轉錄酶。除限制修飾酶和聚合酶以外，基因操作中還用到很多重要的酶，包括：連接酶、T4 多核苷酸激酶、堿性磷酸酶、核酸酶、瓊脂糖酶、蛋白酶、以及一些 DNA 結合蛋白。
分子克隆的常用工具酶
分子克隆的常用工具酶
分子克隆的常用工具酶
一、限制性核酸內切酶
限制性核酸內切:能在特異位點（酶切位點）上催化雙鏈DNA分子的斷裂,產生相應的限制性dna片段。
存在于細菌體內。
切割不同來源的DNA分子將產生特征性限制性酶切圖譜，具有重大應用價值（“分子”）。
