1.RNA相關操作須注意之問題
2.TRizol Reagent抽提法
TRizol Reagent是Gibco公司產品。
1.取新鮮的材料10g,去除土或培養(yǎng)基,洗凈,甩去明顯的水分,初步剪碎,置于一研缽中(研缽應較大,陶瓷制品,確保能承受液氮)。
2.倒入適量的液氮,磨成粉末狀。
3.在研缽中加入30ml TRizol,用研棒將之涂布于所有粉末之上。
4.室溫靜置,讓其自然解凍,粉末逐漸變成黃土狀、褐土狀、泥漿狀,此時再加入20ml TRizol,并用研棒研磨,直至變成醬紅色的液體。(因取材的植物或植物部位的不同,顏色會有差異)
5.加4ml 氯仿,用手劇烈震蕩15秒,靜置2~3分鐘。應當出現(xiàn)的現(xiàn)象是:上層水相無色,下層有機相呈深紅色。注意:劇烈振蕩相當重要,否則將出現(xiàn)*相反的現(xiàn)象,即上層紅色、下層無色;或者其他異?,F(xiàn)象。
6.以12000g在2℃離心15min。
7.轉移水相(上層)到新離心管中。加2/3體積的異丙醇以沉淀RNA。
8.以12000g在2℃離心15min。
9.去上清。
10.加75%酒精浸泡洗滌,靜置10分鐘。
11.倒去酒精,干燥RNA。注意不要過于干燥,否則影響后續(xù)的RNA溶解。
12.將RNA溶于適量無RNase的 水中,并用槍頭來回吸幾次。
13.在室溫下,RNA濃溶液中也可能形成絮狀大團沉淀。60℃水浴10分鐘左右,此間每隔幾分鐘用手指輕彈管底助溶,有可能*溶解,再回復至室溫時則不會再析出沉淀。也有可能始終無法*溶解,這大概是由于RNA溶液實在太濃。
14.用Parafilm膜將離心管蓋封死,將離心管裝于一專門的離心管盒(或其他適合的容器)中,保存于-70℃。避免反復凍融。
3.異硫氰酸胍小量抽提法
本方法基本參照《精編分子生物學實驗指南》第125-126頁,有簡化,起始樣品可低達50mg。
1. 試劑
2. 操作步驟
1).稱取50mg的新鮮植物材料,堅硬部分可用剪刀初步剪碎。
2).往一微型玻璃勻漿器中加入0.5ml變性液(指工作液,下同),再加入植物材料進行勻漿。注意:須保證植物細胞在變性液中被破碎。
3).至沒有明顯可見的細胞團塊時,將勻漿轉入一5ml離心管。
4).往勻漿器中再加入0.5ml變性液,洗刷粘附的勾漿,轉入同一5ml離心管。
5).加入0.1ml的2M、pH4.0的醋酸鈉緩沖液,混勻。
6).加入1ml水飽和酚,混勻。
7).加入0.4ml的24∶1氯仿/異戊醇,混勻。
8).0-4℃靜置15分鐘。
9).4℃、10000g離心20分鐘,將上層水相移入一新的干凈5ml離心管中,加入1ml異丙醇,-20℃放置30分鐘以沉淀RNA。
10)4℃、10000g離心10分鐘。
11)
4.RNA的簡易電泳檢測
由于RNA的易降解性,及RNA呈單鏈狀態(tài)存在的現(xiàn)實,RNA的電泳檢測需耍特殊的操作。以下是一種RNA電泳檢測的簡易方法,但并不適用于為轉膜而進行的RNA電泳或其他在電泳后仍有后續(xù)操作的RNA電泳。
1.稱取適量的電泳用瓊脂糖,倒入一RNA制膠三角瓶(或其他適當容器)中,加入適量的電泳緩沖液。
2.加入溴化乙錠(EB)溶液至終濃度為0.5ug/ml。
3.加入DEPC至終濃度為0.01%。注意:EB和DEPC均為劇毒和致癌物質。
4.將三角瓶按高溫高壓滅菌的要求進行封口。
5.混勻。
6.前一天準備RNA的電泳緩沖液,容器內放置一小磁棒,加入DEPC至終濃度為0.01%,在磁力攪拌器上攪拌過夜。說明:因電泳緩沖液中的Tris成份能與DEPC發(fā)生化學反應,通常認為電泳緩沖液應以DEPC處理過的水配制而不能以DEPC直接處理。實驗室中采用本方法似乎并未造成不良后果。
7.將凝膠預混物和電泳緩沖液高溫高壓滅菌。(以下操作應嚴格規(guī)范)
8.取一只未使用過的、無菌的一次性塑料手套平鋪于公共的制膠平臺上,將RNA的電泳膠模(整套電泳裝置須確保無RNase)輕置其上,擺好梳子,保持水平。
9.將高溫高壓滅菌的凝膠置于微波爐中,以微火使之充分融化。按常規(guī)方式制膠。注意:慎防RNase污染。
10.用的、無RNase的加樣板/紙、加樣槍頭和上樣緩沖液加樣。
11.在預處理的電泳緩沖液中電泳。因電泳過程中EB會向陰極移動,電壓可適當偏高,電泳時間則適當減短。
12.紫外燈下觀察、拍照。