原理： 堿變性抽提質粒DNA是基于染色體DNA與質粒DNA的變性與復性的差異而達到分離目的。在pH值高達12.6的堿性條件下，染色體DNA的氫鍵斷裂，雙螺旋結構解開而變性。質粒DNA的大部分氫鍵也斷裂，但超螺旋共價閉合環狀的兩條互補鏈不會*分離，當以pH4.8的NaAc高鹽緩沖液去調節其pH值至中性時，變性的質粒DNA又恢復原來的構型，保存在溶液中，而染色體DNA不能復性而形成纏連的網狀結構，通過離心，染色體DNA與不穩定的大分子RNA、蛋白質－SDS復合物等一起沉淀下來而被除去。 

儀器與主要試劑 
儀器（見附錄）： 
主要試劑： 溶液I： 50 mmol/L 葡萄糖 
10 mmol/L EDTA 
25 mmol/L Tris-HCl (pH 8.0) 
2毫克/毫升  
溶液II： 200 mmol/L NaOH 
1% SDS 
溶液III： 3 mol/L NaAc (pH4.8)溶液 
TE緩沖液：10 mmol/L Tris-HCl ,pH 7.5 
1 mmol/L EDTA 

實驗方法： 
1．將大腸桿菌菌落挑取一環接種在含有2毫升加入抗菌素的LB液體培養基的10毫升試管里，37℃振培過夜，16～18小時 
2．轉移以上菌液1.5毫升于EP管中，8000rpm離心30秒 
3．小心去除上清，并用吸水紙吸干殘余液體，再將沉淀物在振蕩器上振勻 
4．加入溶液I 100μl，蓋緊EP管蓋，翻轉數次，冰上放置10分鐘 
5．加入溶液II 200μl，溫和翻轉EP管5次(可觀察到溶液逐步由混濁變為透明)，冰上放置5分鐘 
6．加入溶液III 150μl，將EP管蓋緊后累累來回翻轉23次，混勻后冰上放置20分鐘 
7．12000rpm離心15分鐘 
8．將上清轉移到另一個EP管中(吸取時不可吸入底部的沉淀)。加入等體積的酚和氯仿：異戊醇各抽提一次 
9．加入1毫升預冷的無水乙醇和1/10體積的NaAc(3 mol/L,pH5.2)，蓋緊，并翻轉EP管數次混勻 
10． 置于-20℃冰箱1～2小時 
11． 15000rpm離心15分鐘，去除上清，收集管底白色沉淀 
12． 70%乙醇洗滌一次，空氣干燥或真空抽干 
13． 將沉淀溶于50μl TE緩沖液或去離子水，*溶解后，-20℃保存 
14． 取樣5μl，在0.8%的瓊脂糖凝膠上電泳，觀察DNA條帶。 

附注： 
1．溶液Ⅰ--－溶菌液 
：它是糖苷水解酶，能水解菌體細胞壁的主要化學成分肽聚糖中的β-1，4糖苷鍵，因而具有溶菌的作用。當溶液中PH小于8時，作用受到抑制。 
葡萄糖：增加溶液的粘度，維持滲透壓，防止DNA受機械切力作用降解。 
EDTA的作用：
（1） 螯合Mg2＋、Ca2＋等金屬離子，抑制脫氧核酸酶對DNA的降解作用（DNase作用時一定的金屬離子作輔基）。 
（2）EDTA的存在，有利于的作用，因為的反應要求有較低的離子強度的環境。
2．溶液Ⅱ--NaOH-SDS液： 
NaOH：核酸在pH大于5，小于9的溶液中，是穩定的。但當pH>12或pH<3時，就會引起雙鏈之間氫鍵的解離而變性。在溶液Ⅱ中的NaOH濃度為0.2mol/L,加抽提液時，該系統的PH就高達12.6,因而促使染色體DNA與質粒DNA的變性. 
SDS：SDS是離子型表面活性劑。它主要功能有：（1）溶解細胞膜上的脂質與蛋白，因而溶解膜蛋白而破壞細胞膜。（2）解聚細胞中的核蛋白。（3）SDS能與蛋白質結合成為R-O-SO3…R┿-蛋白質的復合物，使蛋白質變性而沉淀下來。但是SDS能抑制核糖核酸酶的作用，所以在以后的提取過程中，必須把它去除干凈，防止在下一步操作中（用RNase去除RNA時）受到干擾。 
3．溶液Ⅲ--3MOL/L NaAc(pH4.8)溶液 
NaAc的水溶液呈堿性，為了調節pH至4.8,必須加入大量的冰醋酸.所以該溶液實際上是NaAc-Hac的緩沖液.用PH4.8的NaAc溶液是為了反pH12.6的抽提液,調回PH至中性,使變性的質粒DNA能夠復性,并能穩定存在.而高鹽的3MOL/L NaAc有利于變性的大分子染色體DNA,RNA,以及SDS-蛋白復合物凝聚而沉淀之.前者是因為中和核酸上的電荷,減少相斥力而互相聚合,后者是因為鈉鹽與SDS-蛋白復合物作用后,能形成較小的鈉鹽形式復合物,使沉淀更*.