固相萃取柱種類的選擇：為了能夠有效地將被吸附的離子化合物洗脫出來，對于含有強離子官能團的目標化合物一般選用弱離子交換柱；而對于含有弱離子官能團的化合物，則可選用強離子交換柱。這樣可以避免目標化合物和吸附劑官能團同時處于離子化狀態，導致目標化合物始終處于的保留狀態無法被洗脫。
問題：
一.回收率低在一次完整的SPE操作中，目標化合物可能會存在于樣品溶液流出液、淋洗液、洗脫液或吸附劑中，當“目標物沒有回收或回收率低” 現象發生時，可向樣品溶液加入標液，然后進行完整的SPE操作并將樣品流出液、淋洗液和洗脫液分別收集并分析。
首先確定目標化合物存在于哪一部分，進而確定問題來自下列哪一環節：目標化合物在吸附劑上保留不足；目標化合物未被*洗脫；其他環節。
二.萃取重現性差在使用固相萃取小柱進行樣品前處理時，若出現萃取效果重現性差，可能的原因及改進辦法如下：
可能原因 改進辦法
上樣前，柱床干涸 重新活化并平衡
吸附劑填裝不緊 提出換貨，或用小棍擠壓柱床
樣品液流速過快 降低流速，通常來說流速低于5mL/min時，結果是穩定的
超出小柱的載樣能力 減小載樣量，或用規格更大的SPE小柱
洗脫劑用量不足 增加洗脫劑的用量或者用更小規格的SPE小柱
三.凈化效果不理想
凈化模式的改進通常而言采用保留目標化合物的模式比保留雜質的模式凈化效果好，如果正在分析的項目為某一種或某一類化合物分析，是采用保留目標化合物的凈化模式；舉一個簡單的例子，同樣是分析蔬菜中的多菌靈和噻菌靈(一類堿性農藥)，使用陽離子交換柱可以專一性地保留這些農藥，使它們基本與干擾物*分離，而使用正相吸附劑或石墨化炭黑進行保留干擾物的操作僅能把主要的干擾物除去，仍有較多干擾物存留。
