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養殖場每天排放的污水量大、集中，并且污水中含有大量污染物，如重金屬、殘留的獸藥和大量的病原體等，因此如不經過處理就排放于環境或直接農用，將會造成當地生態環境和農田的嚴重污染。

1、對水資源的污染

養殖污水處理屬于富含大量病原體的高濃度有機污水，直接排放進入水體或存放地點不合適，受雨水沖洗進入水體，將可能造成地表水或地下水水質的嚴重惡化。

對地表水的影響則主要表現為，大量有機物質進入水體后，有機物的分解將大量消耗水中的溶解氧，使水體發臭；當水體中的溶解氧大幅度下降后，大量有機物質可在厭氧條件下繼續分解，分解中將會產生甲烷、硫化氫等有毒氣體，導致水生生物大量死亡；污水中的大量懸浮物可使水體渾濁，降低水中藻類的光合作用，限制水生生物的正常活動，使對有機物污染敏感的水生生物逐漸死亡，從而進一步加劇水體底部缺氧，使水體同化能力降低。

氮、磷可使水體富營養化，富營養化的結果會使水體中硝酸鹽和亞硝酸鹽濃度過高，人畜若長期飲用會引起中毒，而一些有毒藻類的生長與大量繁殖會排放大量毒素于水體中，導致水生動物的大量死亡，從而嚴重地破壞了水體生態平衡；糞尿中的一些病菌、病毒等隨水流動可能導致某些流行病的傳播等。

2、對農田作物的影響

畜禽養殖污水處理中含有較多的氮、磷、鉀等養分，如能做到合理施用可有效地提高土壤肥力，改良土壤的理化特性，促進農作物的生長。但如果未經任何處理就直接、連續、過量的施用，則會給土壤和農作物的生長造成不良的影響，如引起作物徒長、返青、倒伏，使產量大大降低，推遲成熟期，影響后續作物的生產等。

3、礦物元素和重金屬污染

一方面，在畜禽飼料中大量添加的無機磷約75%為植酸磷，由于植酸磷不能被動物吸收利用而直接排出體外，引起污染。

另一方面，各飼料廠和養殖場均普遍采用高銅、高鐵、高鋅等微量元素添加劑，由于這些金屬元素的吸收率和利用率都很低易隨糞便排出體外進入環境，已成為我國的一大環境公害。

4、殘留獸藥的污染

在畜禽養殖過程中，為了防治畜禽的多發性疾病，常在飼料中添加抗菌素和其他藥物，這些藥物隨飼料進入動物消化道后，短時間內進入動物血液循環，最終絕大多數的藥物經腎臟過濾隨尿液排出體外，只有極少部分的藥物和抗菌素殘留在動物體內。

大量研究表明，大多數飼料用抗菌素都有殘留，只是殘留量大小不同。隨著科技水平的不斷提高，人們發現抗生素作為飼料添加劑使用，對養殖環境已造成了嚴重的負面后果。首先，使畜禽體內的耐藥病原菌或變異病原菌不斷產生并不斷向環境中排放；其次，畜禽不斷向環境中排泄這些抗生素或其代謝產物，使環境中的耐藥病原菌與變異病原菌不斷產生。

畜禽產品中藥物殘留進入環境后，可能轉化為環境激素或環境激素的前體物，從而直接破壞生態平衡并威脅人類的身體健康。

5、微生物污染

畜禽體內的微生物主要是通過消化道排出體外，通過養殖場廢物的排放進入環境從而造成嚴重的微生物污染。如果對這些糞污不進行無害化處理，大量的有害病菌一旦進入環境，不僅會直接威脅畜禽自身的生存，還會嚴重危害人體健康。

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