蛋白質通過鹽析的辦法沉淀的原理是降低蛋白質的溶解度，使蛋白質凝聚而從溶液中析出。
影響鹽析的有以下因素：
1．蛋白質濃度
高濃度蛋白溶液可以節約鹽的用量，但許多蛋白質的b 和Ks常數十分接近，若蛋白濃度過高，會發生嚴重的共沉淀作用；在低濃度蛋白質溶液中鹽析，所用的鹽量較多，而共沉淀作用比較少，因此需要在兩者之間進行適當選擇。用于分步分離提純時，寧可選擇稀一些的蛋白質溶液，多加一點中性鹽，使共沉淀作用減至zui 低限度。一般認為2.5%-3.0%的蛋白質濃度比較適中。
2．離子強度和類型
一般說來，離子強度越大，蛋白質的溶解度越低。在進行分離的時候，一般從低離子強度到高離子強度順次進行。每一組分被鹽析出來后，經過過濾或冷凍離心收集，再在溶液中逐漸提高中性鹽的飽和度，使另一種蛋白質組分鹽析出來。
離子種類對蛋白質溶解度也有一定影響，離子半徑小而很高電荷的離子在鹽析方面影響較強，離子半徑大而低電荷的離子的影響較弱，下面為幾種鹽的鹽析能力的排列次序：磷酸鉀>硫酸鈉>磷酸銨>檸檬酸鈉>MgSO4。
3．PH值
一般來說，蛋白質所帶凈電荷越多溶解度越大，凈電荷越少溶解度越小，在等電點時蛋白質溶解度最小。為提高鹽析效率，多將溶液PH值調到目的蛋白的等電點處。 但必須注意在水中或稀鹽液中的蛋白質等電點與高鹽濃度下所測的結果是不同的，需根據實際情況調整溶液PH值，以達到好的鹽析效果。
4．溫度
在低離子強度或純水中，蛋白質溶解度在一定范圍內隨溫度增加而增加。但在高濃度下，蛋白質、酶和多肽類物質的溶解度隨溫度上升而下降。在一般情況下，蛋白質對鹽析溫度無特殊要求，可在室溫下進行，只有某些對溫度比較敏感的酶要求在0-4℃進行。
