1、厭氧反應器運行時應確保沼氣要效地排出。厭氧消化過程必定伴隨著沼氣的產生，沼氣對污泥可以起到攪拌和，促進污水與污泥的混合接觸，這是其利的一面。同時，沼氣的存在也會起到類似浮渣的，沼氣向上溢出時將部分污泥帶到液面，導致浮渣的產生和出水中懸浮物含量增加及水質變差。因此，要設置氣體擋板和集氣罩，將沼氣從厭氧消化裝置內引出，在出水堰附近留足夠的沉淀區，以出水水質。

2、一般的工業廢水溫度難以達到35℃，需要加熱。因此，為節約加溫所需能量，一方面要注意保溫，盡可能防止反應器熱量散失，另一方而要充分發揮反應器內污泥濃度較大的特點，盡可能提高反應器內污泥濃度，減弱溫度對厭氧反應的影響。
 
3、當被處理污水懸浮物濃度較大時，就應當對污水進行沉淀、過濾、或浮選等適當的預處理，以降進水的懸浮物含量，防止填料層堵塞。
 
4、當被處理污水濃度較高時，要采取回流的運行方式，回流比根據具體情況確定，效的回流，不僅可以降進水濃度，還可以增大進水量，處理設施內的水流分布均勻，避免出現短流現象。
 
5、污泥負荷要適當。為保持厭氧消化過程三個階段的平衡，使揮發性脂肪酸等中間產物的生成與消耗平衡，防止酸積累導致pH值下降，進水機負荷不宜過高，一般不0.5kgCODcr/(kgMLSS·d)。