醫院污水消毒時醫院污水處理的重要工藝過程，其目的是殺滅污水匯總的各類感染病菌；

目前消毒工藝有：氯消毒（如氯、二氧化氯、次氯酸鈉）、氧化劑消毒（如臭氧、過氧乙酸）、輻射消毒（如紫外線、Y射線）等。

氯消毒：

優勢：具有持續消毒的作用，工藝簡單、技術成熟、操作簡單、投加量準確

缺點：產生致癌、致畸作用的有機氯化物（THMs）；處理水有氯或氯酚味；氯腐蝕性強、運行管理有一定的危險性

次氯酸鈉：

優點：無毒、運行管理無危險性

缺點：產生致癌、致畸作用的有機氯化物（THMs）；使水的PH值升高

二氧化氯：

優點：具有強氧化性，不產生有機氯化物（THMs）；投放簡單

缺點：二氧化氯運行有一定的危險性，只能就地制備，隨用隨制

臭氧：

優點：具有強氧化性、接觸時間短；不產生有機氯化物，不受PH影響，能增加水中溶解氧

缺點：電能消耗大

紫外線：

優點：無有害物質產生、無臭味

缺點：耗電量大