養殖業廢水屬于富含大量病原體的高濃度有機廢水，直接排放進入水體或存放地點不合適，受雨水沖洗進入水體，將可能造成地表水或地下水水質的嚴重惡化。由于畜禽糞尿的淋溶性很強，糞尿中的氮、磷及水溶性有機物等淋溶量很大，如不妥善處理，就會通過地表徑流和滲濾進入地下水層污染地下水。對地表水的影響則主要表現為，大量有機物質進入水體后，有機物的分解將大量消耗水中的溶解氧，使水體發臭；當水體中的溶解氧大幅度下降后，大量有機物質可在厭氧條件下繼續分解，分解中將會產生甲烷、硫化氫等有毒氣體，導致水生生物大量死亡；廢水中的大量懸浮物可使水體渾濁，降低水中藻類的光合作用，限制水生生物的正常活動，使對有機物污染敏感的水生生物逐漸死亡，從而進一步加劇水體底部缺氧，使水體同化能力降低；氮、磷可使水體富營養化，富營養化的結果會使水體中硝酸鹽和亞硝酸鹽濃度過高，人畜若長期飲用會引起中毒，而一些有毒藻類的生長與大量繁殖會排放大量毒素于水體中，導致水生動物的大量死亡，從而嚴重地破壞了水體生態平衡；糞尿中的一些病菌、病毒等隨水流動可能導致某些流行病的傳播等。

養殖污水具有典型的“三高"特征即：有機物濃度高，COD高達3000-12000mg/l；氨氮高，數值高達800-2200mg/l；懸浮物高，SS超標數十倍；可生化性一般；臭味大；色度深，因含有大量動物糞便而致使NH3-N濃度很高，并且含有大量的致病性細菌；沖洗排放時間集中，沖擊負荷大等諸多特性。污水中的污染物主要以固態、溶解態存在的碳水化合物形式存在，使污水表現出很高的BOD5 、CODcr 、SS和色度等，同時該污水可生化較好，且污水中含有大量的N、P等營養物質。因污水中的固體殘渣主要為有機物質，所以必須強化預處理，進行固液分離，降低后續處理負荷。

養殖場廢水處理方法可簡單地歸納為物理處理法、化學處理法和生物處理法，應用較廣泛的是生物處理法，即主要通過微生物的生命過程把污水中的有機物轉化為新的微生物細胞以及簡單形式的無機物，從而達到去除有機物的目的。廢水自流進入格柵池，其作用是去除污中固體懸浮物，然后廢水流至調節池，在調節池內有效地進行水量和水質調節，經提升泵送入缺氧池，在缺氧池，污水經厭氧消化，去除部分污染物質，部分難降解的有機物質在此轉化為易降解的物質有利于好氧消化處理。流入好氧池后，填料上吸附的大量活性生物膜，在氧氣充足的條件下，生物膜內的菌體大量吞食污水中的有機污染物，進行新陳代謝，較大程度地去除水中的有機污染物，水中的懸浮物沉淀到污泥斗中，污泥在斗中經過一段時間的濃縮后，定期回流到調節池，剩余污泥排入干化池進行干化和回收處理，出水經兼性塘進行后續處理后達標排放。