安裝完袋式除塵器初期運行顯得尤為重要，尤其是啟動后兩個月之內的運行。這兩個月之內是袋式除塵器容易發生故障的時期，要做到及時發現及時維護，才能達到穩定運行的目的。
1.處理風量：
為了穩定監督濾袋壓力損失，運行初期往往采用大幅度提高處理風量的辦法，讓氣體順利流過濾袋。此時如果風機的電機過載，可用總閥門調節風量。所以，在開始時要經常觀察壓力計，也可以從控制盤上電流表的讀數推算出相應的風量值。
2.溫度調節：
用袋式除塵器處理常溫氣體一般不成問題，但處理高溫高濕氣體時，初始運行，若不預熱，濾袋容易打濕，網眼會嚴重堵塞，甚至無法運行。另外，濾袋若不充分干燥，往往出現結露現象。準確預測袋式除塵器的露點是困難的，因此必須注意由于結露而造成的濾料網眼堵塞和除塵器機殼內表面的腐蝕問題。
3.壓縮空氣壓力調整：
氣動閥控制的反吹風袋式除塵器和脈沖噴吹袋式除塵器，都以壓縮空氣為動力完成清灰過程。把壓縮空氣調整到設計壓力和氣量，才能保證除塵器正常啟動和運轉。
4.除塵效率：
濾袋上形成一層粉塵吸附層后，袋式除塵器的除塵效率才能穩定。由于運行初期處理風量增加，袋式除塵器處于不穩定狀態。因而測定除塵效率從運行若干天或1個月以后進行較好。在穩定狀態下，顆粒很細的低濃度粉塵的除塵效率一般在99.5%以上。
5.粉塵的排出：
收集在灰斗的粉塵，既可以自動排出也可以手動排出，但必須按規定的順序排出。運行初期，經常1天到數天都不排灰，這些粉塵在布袋上，一直達到除塵器的容塵量為止，此后按順序排出。粉塵排出的周期不準確就不能形成穩定的運轉制度。一般若回收的粉塵量過多是因為設計的入口含塵濃度值不準確所致。
6.濾袋吊具的調整：
袋式除塵器安裝并使用1～2個月后，濾袋會伸長。濾袋變松弛后，一方面容易和鄰接的布袋相接觸而磨破；另一方面在松弛部分，由于粉塵堆積和摩擦而使布袋產生孔洞。另外，由于拉力消失，使清灰效果變差而產生濾袋網眼的堵塞。因此在設備安裝1～2個月后應進行檢查，并對濾袋吊掛機構長度進行調整。雖然彈簧式的濾袋吊掛機構可以不必調整，但也應經常檢查，運轉一年后，必須把不合適的彈簧換掉。
