安裝風險：
       一效蒸發器的凝結水結束如果在背壓條件下排放，容易導致壓力表不準，實際蒸汽壓力沒有那么高，壓力傳感器又檢測不到；未效濃縮水排放不能與下水連接，一旦蒸餾水機出現真空將污水吸入冷凝器將會造成注射用水系統的污染且清洗非常困難。                           

操作風險：

       隔膜閥的膜片是否密封；原料水閥組上部的單向閥是否能夠阻止高溫水到流；閥組的調節是否遵守線性規律；末端疏水器是否堵塞而影響操作等。

壓力表、調節閥、流量計失真風險：
       壓力表表針震動造成壓力指示不準確，校驗結果不準；調節閥是否符合調節規律；流量計是否有準確的輸出，并與調節閥準確匹配原料水的供給水量。

高液位跳躍運行風險 

       當多效蒸餾水機的一效和末效蒸發器液位經常跳躍造成供水閥門調節頻繁時，蒸餾的過程會不穩定，導致水質惡化。

工業蒸汽壓力波動幅度大造成的風險
       蒸餾水機的熱源工業蒸汽壓力大幅度波動是影響其操作的主要因素，如果波動很小蒸餾水機的操作將會很平穩，注射用水的純度也會保持連續穩定。                        

多效蒸餾機（六效）

材質風險:
       材料對于蒸餾水機來說是很重要的，如304的材料用于高溫部位生產注射用水，使用一段時間后其內部顏色是褐色的，停機一段時間后其內部就會有銹蝕的雜質脫落，在水中出現小黑點。這種雜質不易清洗，只有連續用水沖刷內表面的結垢才會消失，但是藥品質量存在可能受到影響的風險。

凍裂風險 
       冬季出廠測試后蒸餾水機發運到藥廠，安裝調試時可能發現某些部位有滲漏，這是殘水沒有排凈凍裂所致，如果在出廠測試后立即進行停機排放將會避免此類事情的發生；制藥廠冬季停產維修時也要注意，如果室內溫度低于0℃也可能存在此類風險。