小型實驗室污水處理在人民生活水平提高的基礎下，其需求將進一步被拉動，而經濟發達地區的城市污水提標改造帶來的經濟增量尤為可觀。現在很多地區都加強了污水處理的覆蓋，而實現污水處理覆蓋的同時，還要盡量降低污水處理的成本，才能真正的使小型實驗室污水處理設備動起來。當務之急是降低污水處理成本，提升小型實驗室污水處理效率。
運行費用包括電費(直接處理費用)、人工費(設施管理、管網管理)、設施維護費、系統維修費、監測分析費、組織管理費、其他雜費(零星工具、耗材等)等。為降低小型實驗室污水處理運行成本，建議做好以下工作。
擇優選擇小型實驗室污水處理工藝。要根據地域地形、人口分布、經濟水平、氣候條件和區域環境容量選擇小型實驗室污水處理工藝，不要選擇技術性強但地區難以管理、運行困難、成本高昂的技術設施。建議結合各地實際，開展廣泛討論研究，選擇適合本地區的技術方案，從源頭上降低污水運行成本。
實現公司化運行管理。由于小型實驗室污水處理設施技術性、專業性偏強，地方缺少專業人員，建議采取地方國資平臺和第三方公司投資建立合資化公司平臺的方式，以公司化實現股東之間相互監管。建立合資公司后，也可以將治理設施等固定資本注入合資公司，后期通過證券化、債務化運行等多種方式實現污水治理設施國有資產增值，通過資本手段降低長期運行成本。
推進規模化運行。通過建立一體化運維模式，以規模化城鎮污水處理廠為中心紐帶，配置管理人員、巡查人員、化驗人員和中控監管平臺，統籌區域鎮級和村級污水處理設施的巡查、維護和管理，以小型實驗室污水處理規模化效應，降低縣域污水處理運行成本。
電力費用計費統籌優化。電費是小型實驗室污水處理費用的重要組成部分，是直接的費用成本開支，可將小型實驗室污水處理電力費用納入實驗用電體系。
