實驗室廢水處理的原理是將高濃度的廢酸堿液經中和后排放至中性。高濃度有機溶劑中含有少量被測物質和其他試劑應回收利用。用于回收的高濃度廢水應集中存放回收，低濃度廢水處理后排放，根據廢水性質確定貯存容器和貯存條件。不同的廢水一般不允許混合，避免光照，遠離熱源，以避免不良的化學反應。廢水儲存容器必須貼上標簽，注明類型、儲存時間等。
實驗室廢水管理：
要高度重視實驗室廢水管理，在實施綠色實驗室中發揮示范作用。
(1)完善管理制度和規范。
它在實際工作中起到了示范作用，對廢水的處理也很重視。建立實驗室廢水處理管理制度，根據實際情況制定便于操作的技術規范，并專人負責，將廢水處理納入日常管理。
(2)廢水的集中管理和處理。
實驗室廢水種類繁多，但數量不多。如果每個實驗室分別處理每個實驗產生的廢水，可能會在設備、人力、時間等方面造成困難。因此，根據廢水的種類，每個實驗室都可以通過分類、集中儲存和專人定期統一處理的方式進行收集。為了減少和避免“二次廢水”，注意廢物的回收利用。
(3)反復使用試劑。
試劑回收是一項雙贏的措施，可以減少環境污染，節約監測部門的成本。應采取有效措施回收不直接參與化學反應的有機溶劑。
實驗室廢水處理應注意的事項：
1)盡量回收溶劑，反復使用，不妨礙實驗；
2)為了便于處理，收集分類通常分為：a)易燃物質b)阻燃物質c)含水廢水d)固體物質等。
3)水溶性物質容易丟失在水溶液中。因此，應注意實驗室廢水的處理和回收。然而，甲醇、乙醇和乙酸等溶劑容易被細菌分解。因此，這種溶劑的稀溶液可以用大量水稀釋后排出。
4)含重金屬廢水經分解后，作為無機廢水處理。
