醫療廢水處理的基本方法有三類：物理法、化學法和微生物法，目前醫院更多采用的是化學方法，物理方法主要是是針對醫院廢水進行沉淀、分離、冷熱處理等操作。化學方法在醫院廢水處理中應用更為廣泛，目前常用的方法包括：氯化消毒法、氧化劑消毒法、輻射消毒等，微生物處理法作為當前科技附加值較高的方法，逐步受到了人們的青睞。
物理處理方法
沉淀過濾法
沉淀法是醫療廢水物理處理的重要方面，主要原理是利用醫療廢水中懸浮污水的密度和污染物不同，按照重力沉浮的原理，把醫療污水中的懸浮物分離出來。利用過濾介質截流污水中的懸浮物。過濾介質有鋼條、篩網、砂布、塑料、微孔管等，常用的過濾設備有格柵、柵網、微濾機、砂濾機、真空濾機、壓濾機等，把污水分離出去。
離心分離方法
在醫院醫療廢水處理中，含有懸浮污染物質的污水在高速旋轉，由于懸浮顆粒(如乳化油)和污水受到的離心力大小不同而被分離的方法。常用的離心設備按離心力產生的方式可分為兩種：由水流本身旋轉產生離心力的為旋流分離器，由設備旋轉同時也帶動液體旋轉產生離心力的為離心分離機。旋流分離器分為壓力式和重力式兩種。因它具有體積小、單位容積處理能力高的優點，近幾十年來廣泛用于軋鋼污水處理及高濁度河水的預處理。離心機的種類很多，按分離因素分有常速離心機和高速離心機。化學處理方法氯化消毒法氯化消毒法是在我國應用為廣泛的一種方法。常見的有次氯酸鈉法、和二氧化氯法等。
氧化劑消毒法
臭氧也是一種的消毒劑，具有刺激性氣味，且具有不穩定性。臭氧具有高的氧化還原電位，能夠有效講解有機物，破壞分解細菌的細胞，并且終殺死細胞。臭氧能夠消滅生命力頑強的病毒、芽孢等微生物。經過臭氧處理后，除菌率高達99.985%-99.998%，亞硝酸鹽類去除率為79.5%，色度的去除率為77%。臭氧殺菌*，殺菌快，且不受外界環境影響。但是臭氧消毒也有一定的局限性，那就是臭氧本身不穩定，容易在水中分解，而且臭氧消毒設備昂貴。
輻射消毒法
輻射消毒主要是指利用電離輻射殺滅致病微生物的能力對一次性醫療用品進行消毒。紫外線消毒是一種方便的方法，也是一種物理消毒法，利用紫外線功能消滅病原微生物。紫外線在波長(280-200nm)的殺菌消毒效果佳。紫外線消毒用于醫療廢水處理的原理：利用紫外線光子的能量破壞水中的各種病毒和細菌的遺傳物質DNA，破壞其DNA結構，達到消滅病菌的目的。該種醫療廢水處理方法的優點是費用低、小、時間短。
曝氣生物濾池法
醫療廢水主要來自手術室、病房、洗衣房等，其主要的污染物為病毒、微生物及其有機污染物。采用氯化法等消毒能夠達標，但是不能有效去除有機物。
