化學廢水排放系統由水槽、排水管和消納池組成。水槽通常采用陶瓷盆或人造石盆。消納池是針對化學實驗排放廢水中的酸、堿性無機溶液而設立的預處理裝置。廢水通常在整體上呈酸性，由專人管理并定期投放石灰等堿性物質中和達標后排放到環境污水系統。
過去排水管采用鑄鐵管，使用十余年后往往被鐵銹堵塞甚至因嚴重腐蝕而漏水。目前較通用的排水豎管（包括彎頭、三通等附件）是內壁涂復環氧樹脂的鑄鐵件或UPVC管材。橫管為維修方便起見多用UPVC管材。
UPVC是不添加增塑劑的聚氯乙烯，通常用于制造民用水管。上水管較厚，抗水壓，用的穩定劑無毒；下水管稍薄，采用較廉價的低毒穩定劑。二氯乙烷、乙酮（甲乙酮）、四氯乙烷等化學試劑對UPVC管有強烈溶脹作用。
尤其是前四種試劑，不溶于水，比重大于水，極易沉積在排水管的儲水彎（俗稱“P彎”）內，即使是少量也足以使彎頭腐蝕。對于傾斜度不足或因有沉積物而排水不暢的管道，會使整段腐蝕，造成嚴重后果。現在，很多高校都對有機實驗進行了改革，采用了小量和微量實驗，減少了廢液量。
即使如此，按照實驗室評估的標準，有機廢液也必須專門收集并由具有化學廢棄物處理認證資質的廠商進行焚燒處理。（尤其是含氯的有機溶液，必須通過1500℃以上的高溫燃燒才能分解為二氧化碳、水和。若低溫燃燒則會產生劇毒致癌物質）。但在實際操作中，因為疏忽或管理不善而將有機廢液甚至違禁試劑倒入排水系統，這是要禁止的。
