1、有機污染物：糞便中含有大量含碳化合物、含氨化合物等有機物，進入水體后，嚴重首先使水質渾濁，水色變黃，氣味變臭。在微生物作用下，大量消耗水中的溶解氧時，溶解氧被耗盡，有機物進行厭氧分解，產生多種惡臭物質，水體變黑發臭，水質惡化，不能飲用。
2、氮、磷營養物質污染：氮、磷是排泄物的主要營養物質污染物。在有機分解過程中，有機物氮、磷還要被礦化為無機的氮、磷。多數含氮化物被氧化成硝酸鹽，其中一部分滯留在表土層，另一部分則滲入地下，日積月累則會污染地下水源。含磷過多的污水流入河溝和池塘，使水體富營養化，可使藻類等浮游生物大肆繁殖瘋長，導致水中溶解氧含量降低并產生多種毒素，直接影響魚類生長。由于藻類大量繁殖，加大了水的渾濁度，使水生植物和藻類的光合作用發生障礙而死亡，死亡的藻體和水生植物在厭氧條件下腐爛分解，導致水體惡化，從而危害生態環境。
3、礦物質元素污染：在畜禽養殖行業，為增強畜禽的食欲，往往在飼料中加入食鹽，這導致糞尿鹽分含量增多，直接影響動物健康和畜產品的食用安全，污染土壤，對農作物的生長不利。該項目的實施，將有助于改善畜禽糞便對土壤和水體的污染。雞糞中含砂量較高，特別是種雞糞，飼料中砂礫與貝殼的添加量就有8%，經過消化道帶入糞便中。且雞糞中含有較多的雞毛，特別是換羽期。
“九五”以來，我國對糞便污水的處理工藝和技術進行了大量的研究和探索，對糞便污水處理進行了各方面的試驗和實踐，取得了行之有效的成功經驗，逐漸形成了以生化為主、生化與物化相結合的處理工藝。生化法中常用的有活性污泥法、生物膜法、厭氧和好氧相結合法、水解酸化與好氧相結合等各種工藝。工程實踐證實大中型場糞便污水固液分離后進行好氧處理是可行和的，對于規模小的采用水解酸化與好氧相結合的方法較為適宜。采用厭氧消化，一方面可減少能源消耗，降低運行費用，另一方面還可以回收甲烷氣，并加以利用，從而達到廢物利用的作用。
