反滲透設備的技術不斷地發展進步，在設計上也越來越完善，但是清洗在反滲透設備日常運行中不可避免的。
反滲透膜正常運行一段時間后，反滲透膜元件會受到給水中可能存在的懸浮物或難溶鹽的污染，這些污染中zui常見的碳酸鈣沉淀、硫酸鈣沉淀、金屬(如鐵、錳、銅、鎳、鋁等)氧化物沉淀、硅沉積物、無機或有機沉積混合物、天然有機物質、合成有機物(如：阻垢劑/分散劑，陽離子聚合電解質)、微生物藻類、霉菌、真菌等污染。污染性質和污染速度取決于各種因素，如給水水質和系統回收率。通常污染是漸進發展的,如不盡早控制，污染將會在相對較短的時間內損壞膜元件。當膜元件確證已被污染，或是臨時停機之前，或是作為定期日常維護，建議對膜元件進行清洗。當反滲透系統（或裝置）出現以下癥狀時，需要進行化學清洗或物理沖洗：正常給水壓力下，產水量較正常值下降10-15%,為維持正常的產水量，經溫度校正后的給水壓力增加10-15%,產水水質降低10-15%,透鹽率增加10-15%,給水壓力增加1015%,系統各段之間壓差明顯增加。
已受污染的反滲透膜的清洗周期根據現場實際情況而定。正常的清洗周期是每3-12個月一次。當膜元件僅僅是發生了輕度污染時，重要的清洗膜元件。重度污染會因阻礙化學藥劑深入滲透至污染層，影響清洗效果。
清洗何種污染物以及如何清洗要根據現場污染情況而進行。對于幾種污染同時存在復雜情況，清洗方法是采用低PH和高PH清洗液交替清洗（應先低PH后高PH值清洗）
污染物情況分析:
（1）碳酸鈣垢：碳酸鈣垢是一種礦物結垢。當阻垢劑/分散劑添加系統出現故障時，或是加酸pH調節系統出故障而引起給水pH增高時，碳酸鈣垢有可能沉積出來。盡早地檢測碳酸鈣垢，對于防止膜層表面沉積的晶體損傷膜元件是極為必要的早期檢測出的碳酸鈣垢可由降低給水的pH值至3-5運行1-2小時的方法去除。對于堆積時間長的碳酸鈣垢，可用低pH值的檸檬酸溶液清洗去除。
（2）硫酸鈣、*、硫酸鍶垢：硫酸鹽垢是比碳酸鈣垢硬很多的礦物質垢，且不易去除。硫酸鹽垢可在阻垢劑/分散劑添加系統出現故障或加硫酸調節pH時沉積出來。盡早地檢測硫酸鹽垢對于防止膜層表面沉積的晶體損傷膜元件是極為必要的*和硫酸鍶垢較難去除，因為它幾乎在所有的清洗溶液中難以溶解，所以，應加以特別的注意以防止此類結垢的生成。
（3）金屬氧化物/氫氧化物污染：典型的金屬氧化物和金屬氫氧化物污染為鐵、鋅、錳、銅、鋁等。這種垢的形成導因可能是裝置管路、容器(罐/槽)腐蝕產物，或是空氣中氧化的金屬離子、氯、臭氧、鉀、高錳酸鹽，或是由在預處置過濾系統中使用鐵或鋁助凝劑所致。
（4）聚合硅垢：硅凝膠層垢由溶解性硅的過飽和態及聚合物所致，且非常難以去除。需要注意的這種硅的污染不同于硅膠體物的污染。硅膠體物污染可能是由與金屬氫氧化物締合或是與有機物締合而造成的硅垢的去除很艱難，可采用傳統的化學清洗方法。現有的化學清洗藥劑，如氟化氫銨，已在一些項目上得到勝利的使用，但使用時須考慮此方法的操作危害和對設備的損壞，加以防護措施。
（5）膠體污染：膠體是懸浮在水中的無機物或是有機與無機混合物的顆粒，不會由于自身重力而沉淀。膠體物通常含有以下一個或多個主要組份，如：鐵、鋁、硅、硫或有機物。
（6）非溶性的天然有機物污染：非溶性天然有機物污染通常是由地表水或深井水中的營養物的分解而導致的有機污染的化學機理很復雜，主要的有機組份或是腐植酸，或是灰黃霉酸。非溶性天然有機物質被吸附到膜表面可造成RO膜元件的快速污染，一旦吸收作用發生，漸漸地結成凝膠或塊狀的污染過程就會開始。
（7）微生物堆積：有機堆積物是由細菌粘泥、真菌、霉菌等生成的這種污染物較難去除，尤其是給水通路被*堵塞的情況下。給水通路堵塞會使清潔的進水難以充分均勻的進入膜元件內。為抑制這種沉積物的進一步生長，重要的不只要清潔和維護RO系統，同時還要清潔預處理、管道及端頭等。對膜元件采用氧化性殺菌時，使用認可的殺菌劑。
清除污染物慣例清洗液介紹
溶液1：2.0%W檸檬酸(C6H8O7低pH)pH值為3-4清洗液。以于去除無機鹽垢(如碳酸鈣垢、硫酸鈣、*、硫酸鍶垢等)金屬氧化物/氫氧化物(鐵、錳、銅、鎳、鋁等)及無機膠體十分有效。
溶液2：0.5%W鹽酸低pH清洗液(pH為2.5)主要用于去除無機物垢(如碳酸鈣垢、硫酸鈣、*、硫酸鍶垢等)金屬氧化物/氫氧化物(鐵、錳、銅、鎳、鋁等)及無機膠體。這種清洗液比溶液1要強烈些，因為鹽酸為強酸。
溶液3：0.1%W氫氧化鈉高pH清洗液(pH為11.5）用于去除聚合硅垢。這一洗液是一種較為強烈的堿性清洗液。
溶液4：氫氧化鈉-EDTA四鈉-六偏磷酸鈉清洗液。
清洗步驟：先用殺菌劑如1227清洗，再用溶液1清洗，再用溶液4清洗，zui后用水沖洗至中性，所用水應為反滲透產水。
