DNA合成和純化系統使DNA合成的4個過程（合成、切除、脫保護及純化）自動完成，定量、自動地收集DNA產品。這些過程在3種同時運行的模塊中完成。
DNA合成所需的全部化學步驟都在合成柱內進行，合成DNA所需要的全部試劑和溶劑都可以通過試劑運輸系統供給。在柱子（起始載體結合的核苷是裝在一次性的柱子中，該柱子除柱體外還有兩個固定過濾板和兩個接頭，所有部件都是由惰性材料制成）中發生3個化學過程。
*個過程發生在合成模塊中。柱中含有3’端核苷，與載體物質共價結合，一次加1個堿基到載體結合的核苷上，DNA鏈就開始增長，合成的粗寡核苷酸既可帶5，—DMT基團，也可不帶5，—DMT基團，而純寡核苷酸的合成必須帶5’—DMT基團。
在自動生產寡核苷酸的第二個過程中，柱子被切換到切除模塊，這里濃的氫氧化銨溶液被輸送到柱內，從載體上切除寡核苷酸，然后將氫氧化銨溶液中的DNA產物轉移到脫保護模塊。
第三個過程是脫保護，將含寡核苷酸的溶液在65℃加熱1h以達到從寡核苷酸上去除掉保護基團的目的。
第四個過程為純化模塊，所希望獲得的全長寡核苷酸與失敗片段及其他雜質分離。純化是將混懸在氫氧化銨溶液中脫保護的產物通過原來的柱內的載體來完成。DMT化的全長寡核苷酸在柱內結合到載體上，而脫DMT的失敗片段和其他雜質都被沖洗去掉。接著經脫DMT后，用20％的乙腈水溶液：將DNA產物從柱上洗脫下來。
已純化的寡核苷酸應用UV（紫外線）檢測系統，在20％的乙腈溶液中進行定量測定，當樣品輸送到樣品收集模塊時通過檢測器，吸收以光密度單位（ODU）表示，產量則以皮摩爾（pmole）表示。自動合成寡核苷酸是以樣品收集模塊（module）中收集DNA樣品而告完成。
