一般來說，智能化自動洗板機的故障在許多方面具有相似的地方，因此通過對某一廠家某一型號的設備的故障了解，往往可以給其他型號設備的故障排除提供思路和參考。
SLT型自動洗板機的清洗頭有16針，微孔板上每個孔對應一個進液針和一個排液針。該儀器還能夠使用9種軟件來定義板型，用來控制圓底孔的微孔板的進液位置和排液位置，其進液和排液速度也有5種選擇。儀器的運行必須按操作說明書進行，否則會造成儀器損壞或程序錯誤，使儀器的安全性得不到保證。常見的故障有以下幾個方面。
1．不能排廢液
工作時能聽到排廢液泵有輕微的運轉聲，但不能從板上吸取液體。測廢液泵工作電壓是否正常；若正常，拆下泵體，檢查是否因為內部臟物使排液泵堵死，可用超聲波清洗，再用蒸餾水沖凈干凈，重新安裝后一般可排除故障。
2．關機后程序丟失
開機時發現以前編制的程序丟失；重新編程后能正常工作，但關機后再次開機時故障重現。此故障為明顯的CMOS電池失效，無法保存程序所致。取下機殼，在主電路板左下角有一焊在主板上的綠色扁平小方塊，即為CMOS電池，卸下后用相同型號的電池更換，就可以排除故障。
3．銀針清堵時針齊根斷在一排液針孔內
拆下清洗頭臂，用英制內六角擰下正面的兩個定位柱，取下密封圈。再用另一根新針把斷針往里頂，使之在廢液糟內伸出一小段，再用鑷子輕輕拉出斷針，重新固定新針4．操作時某一個通道不能進液。
先檢查其他三個通道是否工作正常。若正常，再檢查不能進液的通道的膠管有無堵塞；若無，再測通道選擇螺線管閥工作電壓是否正常，若無相應吸合動作，更換后可排除故障。
