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一.微生物分類：
選擇性培養基：一類根據某微生物的特殊營養要求或其對某化學、物理因素的抗性而設計的培養基，具有使混合菌樣中的劣勢菌變成優勢菌的功能，廣泛用于菌種篩選等領域。
鑒別培養基：一類在成分中加有能與目的菌的無色代謝產物發生顯色反應的指示劑，從而達到只須用肉眼辨別顏色就能方便的從近似菌落中找出目的菌菌落的培養基。例如，伊紅美藍乳糖培養基（EMB）。
二.化學分類：
1.天然培養基
指一類利用動、植物或微生物體包括其提取物制成的培養基。如牛肉膏蛋白胨培養基、麥芽汁培養基等。
2.組合培養基
又稱為合成培養基或綜合培養基，是一類按微生物的營養要求設計后用多種高純化學試劑配制成的培養基。如葡萄糖銨鹽培養基、淀粉硝酸鹽培養基等。
3.半組合培養基
指一類主要以化學試劑配制，同時還加有某種或某些天然成分的培養基。例如，馬鈴薯蔗糖培養基。
三.物理分類：
1.固體培養基
一類外觀呈固態的培養基。根據性質又分為固化培養基、非可逆性固化培養基、天然固態培養基、濾膜。
2.液體培養基 一類呈液態的培養基。
3.半固體培養基 指在液體培養基中加入少量的凝固劑而配制成的半固體狀態的培養基。
4.脫水培養基 又稱預制干燥培養基，指含有除水分外的一切成分的商品培養基。
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