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根據生物安全防護水平的差異，生物安全柜可分為一級、二級和三級三種類型生物安全柜。
一級生物安全柜可保護工作人員和環境而不保護樣品。其氣流原理和實驗室通風櫥基本相同，不同之處在于排氣口安裝有HEPA 過濾器，將外排氣流過濾進而防止微生物溶膠擴散造成污染。一級生物安全柜本身無風機，依賴外接通風管中的風機帶動氣流，由于不能保護柜內產品，目前已較少使用。
*是目前應用的柜型。按照《中華人民共和國醫藥行業標準YY0569-2005生物安全柜》中的規定，*依照入口氣流風速、排氣方式和循環方式可分為4 個級別：A1 型，A2 型，B1 型和B2 型。所有的*都可提供工作人員、環境和產品的保護。
A1 型安全柜前窗氣流速度zui小量或測量平均值應至少為0.38m/s。70%氣體通過HEPA 過濾器再循環至工作區，30%的氣體通過排氣口過濾排出。
A2 型安全柜前窗氣流速度zui小量或測量平均值應至少為0.5m/s。70%氣體通過HEPA 過濾器再循環至工作區，30%的氣體通過排氣口過濾排出。
二級B型生物安全柜均為連接排氣系統的安全柜。連接安全柜排氣導管的風機連接緊急供應電源，目的在斷電下仍可保持安全柜負壓，以免危險氣體泄漏如實驗室。其前窗氣流速度zui小量或測量平均值應至少為0.5m/s(100fpm)。
B1 型70%氣體通過排氣口HEPA 過濾器排除，30%的氣體通過供氣口HEPA 過濾器再循環至工作區。
B2 型為100%全排型安全柜，無內部循環氣流，可同時提供生物性和化學性的安全控制，可以操作揮發性化學品和揮發性核放射物作為添加劑的微生物實驗。
三級生物安全柜是為生物安全防護等級為4級實驗室而設計的，柜體*氣密，工作人員通過連接在柜體的手套進行操作，俗稱手套箱(Golve box)，試驗品通過雙門的傳遞箱進出安全柜以確保不受污染，適用于高風險的生物試驗，如進行SARS、埃博拉病毒相關實驗等。
根據生物安全柜的強制性行業標準《中華人民共和國醫藥行業標準YY0569-2005生物安全柜》規定，只有獲得國家食品藥品監督管
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