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智能集菌儀在操作過程中應注意以下問題：
(1)智能集菌儀必須有效接地。
(2)智能集菌儀長期不用，應切斷電源。
(3)智能集菌儀應置于平穩的操作臺面，其工作環境應避免振動和化學腐蝕。
(4)若無菌室采用化學消毒劑消毒時，應將智能集菌儀置密封罩內，或搬出無菌室，以免損壞電子部件和腐蝕金屬配件。
(5)應保持取樣針上的過濾膜干燥，氣流通暢，正常浸液。方法是在取樣針插入瓶裝流體樣品時，應先開機，然后倒轉容量瓶。
(6)更換檢品或完成過濾時應停機，否則會使集菌培養器內產生過高的氣壓，膠塞脫離，影響使用。可摘下膠冒放氣，消除集菌培養器內的壓力。
(7)若進液管內出現過多氣泡，應將泵速降低，并檢查氣濾膜是否被浸濕，若不能進液，則檢查進液針管是否暢通。
(8)智能集菌儀運轉時切勿將手伸入轉軸內，待扣在定位卡后再開機。
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