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生物安全柜的去污，是將適量的低聚甲醛（使柜內空氣中的低聚甲醛的zui終濃度為８０％）置于電熱盤或煎鍋上（從柜外控制）。另將一個放有比低聚甲醛多１０％的 碳酸氫的電熱盤或煎鍋也放在柜內（在柜外控制）。這第二個容器上應帶蓋，這個蓋子可以從遠處取下來（例如系在一根線上，線可以從柜外拉動）。這樣可以使提前中和的低聚甲醛達到zui小。
如果相對溫度低于７０％，有熱水的開口容器。如果沒有前隔板，則要用生型塑料擋板，將其用膠帶粘在前臉，確保不會有氣體漏入房間。當盤內的低聚甲醛已全部揮 發或開關已打開１小時后，將開關關閉。將安全柜放置一整晚不得觸動。然后將第二個盤子的蓋移開并打開其開關，碳酸氫氨開始揮發。這時，關閉盤子的開關，讓安全柜開始工作，使碳酸氫氨氣循環１小時。然后可以取下前隔板（或塑料擋板），安全柜即可使用。
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