在液相色譜分析過程中，我們經常遇到的問題主要有二種，一種與液相色譜儀器本身因素有關，如液相色譜的閥門、混合器、檢測器的光源以及其它的一些硬件設備。出現這類問題后，如果能找出問題根源，解決起來一般很簡單，而且這類問題可以通過對儀器的精心維護來避免;而另一類問題則是分析方法本身造成的問題，如出現色譜峰形狀不好、峰與峰之間不能分開、基線飄移等等。不幸的是，如果出現這類問題，看起來似乎很明顯，但是要找出原因并解決這類問題卻非常困難。
為了減少出現這一類型的問題，就必須在分析之前，仔細研究并選擇一個好的分析方法，有了一個好的分析方法，就很容易獲得理想的分離效果，而且在出現問題是也很便于找出原因。要選擇一個好的分析方法，就必須對液相色譜分析的一些基本原則要有一個很深的了解。
一：分析方法選擇的基本原則
假如你想做一頓豐盛的晚餐，首先必須看一下食譜，然后檢查一下你所需的東西是否齊全，如果少了配料還必須去商店購買，這樣你才可能做出一頓可口的晚餐。同樣進行液相色譜分析時，也必須按照一定的程序進行，首先你必須要有專門的儀器和試劑，然后有目的地選擇分析方法，這樣你才可能得到好的分析結果，避免走一些彎路。
二：柱子的選擇
在液相色譜分析方法中zui重要的就是色譜柱的選擇，色譜分析人員面對幾百種色譜柱，你從何入手呢?
現在大部分液相色譜分析都是使用反相色譜柱，其中以C18 和C8柱zui為流行。然而色譜分析并不是流行歌曲，這兩種色譜柱之所以運用廣泛是因為在大多數情況下，使用這兩種柱子都能獲得理想的分離效果。盡管一些樣品的分離并不是這兩種柱子(如表一所示)，但 C18和C8經常是的固定相，C18和C8柱兩者之間并無明顯的差別，但在我們實驗室中以常使用的是C8柱。
色譜分析人員遇到的多數樣品需要利用反相色譜柱進行分析，但一些樣品可能需要其它的分析技術才能成功地分離。
三：有機相的選擇
獲得成功分離的另一個重要因素就是流動相有機溶劑的選擇，如果使用反相色譜柱可以有三種有機溶劑可以選擇，甲醇、乙腈和四氫呋喃。每一種溶劑都有其的優點，但色譜分析人員很少能預見哪一種溶劑更合適，所以具體選擇哪一種溶劑你必須充分考慮同行的意見。
在我的實驗室中多數工作分析藥物中的成份，其中有些樣品的紫外吸收很弱，所以分析時紫外檢測器的波長為220nm甚至更低，但是四氫呋喃的紫外吸收比較強，所以在波長低于240nm時，就不能選擇這種溶劑。盡管低濃度的甲醇在較低的波長下也可使用，但是在低于220nm時，甲醇的濃度不易控制。選擇何種溶劑還必須考慮其與樣品及空氣之間不發生作用，而四氫呋喃易分解，形成過氧化物，所以使用這種溶劑時須格外小心。一些研究人員發現，在四氫呋喃中加入水可以解決這個問題(4)，但它與色譜柱平衡所需的時間比甲醇、乙腈長，而且其不愉快的氣味也是一個不利因素。與四氫呋喃相比，甲醇和乙腈的zui大優點是在柱壓較低的條件下，流速可控制在1-2ml/min之間。 考慮到理想溶劑的特點，如粘度低、紫外吸收弱、與樣品不相互作用，而且使用方便，所以的有機溶劑應是乙腈，當然利用甲醇作為有機溶劑的也較為常見。
四：水相的選擇
假如樣品為一般化合物，可以用水作為水相，然而離子化合物在藥物分析時普遍存在，而這類化合物需要控制PH值才能得到很好的分離。如流動相的PH值必須高于或低于樣品的PKA1.5個單位。在分析有機酸時，當PH值低于3時，色譜柱一般還比較穩定，然而當PH值高于8時，就需要緩沖液，因為此PH值已經超出了二氧化硅的有效使用范圍。寬PH值的二氧化硅柱也比較常見，但是對高PH值物質的分離，很少有這方面的報道。所以建議使用緩沖液來減少二氧化硅的流失。
考慮到樣品的特性及柱子的穩定，建議在分析PH值較高的物質時應使用緩沖液，2.5mM的磷酸鹽緩沖液 (PH=2.5)是非常合適的水相。如果在分析方法中使用了分光儀，那么就必須選擇易揮發的緩沖液，盡管不如真正的緩沖液有用，但0.1% Trifluoroacetic酸和乙酸能夠滿足PH值的控制要求。
五：其它的因素
在你選擇液相色譜的分析方法時，必須考慮到其它的一些因素，比如溫度。因為溫度變化1度，保留時間將變化1-3%，所以溫度控制十分重要，溫度的變化還影響色譜柱的選擇性，這會使你更積極地投入到溫度選擇中去。在分析時柱溫一般比室溫高一點(如35℃)，因為此溫易控制，而且在低壓下有利于降低溶劑的粘度，從而降低柱壓。有時你需要利用其它的一些方法 ，如在流動相中加入部分特殊的物質，不過我建議在你實在必須時才用這種方法，記住KISS原則(Keep it simple ，stupid)，不要使你的流動相過分復雜!
