（一）熒光測量靈敏度
靈敏度的高低是衡量儀器檢測微弱熒光信號的重要指標，一般以能檢測到單個微球上zui少標有異硫氰酸熒光素（fluoresceinisothiocyanate，FITC）或藻紅蛋白（phyloerythrin，PE）熒光分子數目來表示，現在的FCM均可達到600個熒光分子。
（二）分辨率
分辨率的高低是衡量儀器檢測量精度的指標，通常用變異系數（CV）值來表示：
CV＝D／M×l00％（其中D是分布的標準差，M是分布的平均值）
如果一群含量*相等的樣本用FCM來測量，理想的情況下，CV為0；用FCM測量曲線表示為垂直于橫軸的直線。但是在整個系統檢測中會帶人許多誤差，其中樣本含量本身的誤差、樣本在流進照射光區域的微量變化、再加上儀器本身的誤差等，實際得到的是一呈正態分布的曲線，CV值越小則曲線分布越窄越集中，測量誤差就越小，一般的FCM在*狀態時CV值均<2％。CV值除了采用以上的計算公式外，還可用半高峰寬來計算，半高峰寬指在峰高一半的地方量得的峰寬，它與CV值有以下的關系：
CV＝半高峰寬／M×0．4236X100％
上述公式建立在正態分布的條件下，而實際數據分布常常是非對稱圖形，故采用半高峰寬所計算得到的CV值要明顯小于統計公式得到的CV值，在實際應用中應引起注
意。
（三）前向角散射光檢測靈敏度
靈敏度是指能夠檢測到的zui小顆粒大小，目前FCM可以測量到0．2—0．5mm。
（四）FCM的分析速度
分析速度是以每秒可分析的細胞數來表示，當細胞流過光束的速度超過FCM儀器響應速度時，細胞產生的熒光信號就會被丟失，這段時間稱為儀器的死時間。死時間越短，則儀器的處理速度越快，一般可達3 000～6 000／s，大型機已達到每秒幾萬個細胞。
（五）FCM分選指標
分選指標包括分選速度、分選純度及分選收獲率。分選速度指每秒可提取的細胞數。目前臺式帶分選儀器的分選速度約為300／s；大型機約為每秒上萬個。分選純度指被分選出細胞所占的百分比，目前大型機與小型機分選純度均可達到99％。分選收獲率指被分選出的細胞與原來溶液中該細胞的百分比。通常情況下，分選純度和收獲率是互相矛盾的，純度高，收獲率下降，反之亦然。這是由于樣本在流液中并不是等距離一個接一個有序地排列，而是隨機的。一旦兩個不同細胞相距得很近時，在強調純度和收獲率不同條件下，儀器會作出取舍的決定。因此，選擇不同模式要視具體實驗要求而定。
流式細胞儀的應用范圍 自20世紀70年代以來，隨著流式細胞技術水平的不斷提高，其應用范圍也日益廣泛。流式細胞術已普遍應用于免疫學、血液學、腫瘤學、細胞生物學、細胞遺傳學、生物化學等臨床醫學和基礎醫學研究領域。
目前國內外FCM在醫學臨床及科研中的應用主要有以下幾方面：①監測細胞免疫狀態；②組織配型與監控移植的排斥反應；③白血病的診斷及療效觀察；④遺傳性血小板疾病的診斷；⑤細胞DNA定量及細胞周期的分析；⑥細胞凋亡的檢測；⑦細胞特異性標志物的測定；⑧細菌的鑒定。
