所謂探針，一般是指用來檢測某一特定核苷酸序列或基因序列的DNA片段或RNA片段。但要使探針DNA片段能實際應用，必須使DNA或RNA分子帶上可識別的信號標志，以便跟蹤觀察探針與其同源的核苷酸序列發生雜交反應的位置，被探測DNA或RNA片段上的大小、雜交信號的強弱等。目前應用zui多的是核素標記方法或非核素標記方法。
根據探針核酸的不同來源可將探針分為eDNA探針、基因組DNA探針、寡核苷酸探針和RNA探針。
1．cDNA探針 通過反轉錄獲得cD—NA后，將其克隆于適當的克隆載體，通過擴增重組質粒而使eDNA得到大量擴增。提取質粒后，用限制酶消化重組質粒，將cDNA片段切割下來，分離純化，即可作為探針使用。cDNA探針是目前應用的一種探針。
2．基因組DNA探針 從基因組文庫中篩選得到一個特定基因（或基因片段）的克隆后，大量擴增、純化，切取插入片段，分離純化，即可作為探針使用。基因組DNA探針含有內含子序列，但也可以僅僅使用某一內含子序列作為探針。
3．RNA探針 采用基因克隆和體外轉錄的方法可以得到RNA或反義RNA，作為探針使用。將目的基因克隆到帶有SP。或T，啟動子的質粒中，插入到啟動子下游，用適當的限制酶在插入序列的下游切斷質粒使之線性化，加入RNA聚合酶、ATP、GTP、CTP和[a—32P]—UTP，以目的基因的DNA為模板，轉錄合成出高放射性的RNA探針。
4．寡核苷酸探針 根據已知的核酸序列，采用DNA合成儀合成一定長度的寡核苷酸片段，亦可作為探針使用。若不知核苷酸序列，可根據蛋白質的氨基酸序列推導出核酸序列，合成相應的寡核苷酸片段作為探針。此種情況下需要考慮到密碼子具有簡并性，采用推導的序列制備探針，其特異性可能不夠高。寡核苷酸片段長度在十幾個核苷酸以上就能作為雜交探針。
