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問題1：如何來判定哪些蛋白是和自己研究相關(guān)的蛋白，挑選什么樣的蛋白來進行后期的驗證實驗？
答：需要研究人員根據(jù)自己研究的相關(guān)生物學背景，再結(jié)合生物信息學分析的結(jié)果，以及查看相關(guān)的文獻資料來確認哪些蛋白可以用于后續(xù)深入的研究。
問題2：樣品寄送過程，哪些需要低溫？哪些需要干冰？哪些常溫就可以？
答：細胞、組織、蛋白溶液、菌體等樣品采用干冰運輸，對于SDS-PAGE條帶和2D點以及酶解好的肽段樣品直接常溫運輸即可。可以理解為需要提取蛋白或提取好的蛋白樣品（易降解）都需要低溫運輸，而處于凝膠中的蛋白或者是酶解好的肽段可常溫運輸。
問題3：哪些樣品需要去除高豐度蛋白？怎么去除？是否需要費用？
答： ①一般情況下，血清、血漿樣品中都會存在高豐度蛋白（白蛋白等免疫蛋白），如果客戶是此類樣品，需提前跟客戶溝通好，一定需要去除高豐度蛋白；目前有成熟的試劑盒可以去除血清中的高豐度蛋白。
②體液樣品，細胞培養(yǎng)液等樣品，出現(xiàn)高豐度蛋白的情況也比較高，這類樣品，如果出現(xiàn)高豐度蛋白，需要先通過質(zhì)譜鑒定是否是常見免疫蛋白，然后再采用高豐度蛋白去除試劑盒進行去除。
③其他樣品存在高豐度的情況不常見，如在實驗過程中發(fā)現(xiàn)高豐度蛋白，解決方案如上。其他樣品可能會出現(xiàn)鑒定出來的高豐度蛋白沒有合適的試劑盒可以去除，這時候需要跟客戶提前告知風險。
④去除高豐度蛋白的費用詳見鹿明生物蛋白組報價（老客戶可以直接咨詢我們的銷售人員）。
問題4：蛋白質(zhì)組結(jié)果一般需要做哪些方面的生物信息學分析？
答：目前一般文獻中的分析主要為維恩圖分析、熱圖分析、火山圖分析、層次聚類分析、蛋白質(zhì)功能分析（GO分類為主）、蛋白質(zhì)所屬代謝通路富集分析（基于KEGG的pathway）、差異蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、轉(zhuǎn)錄因子預測等方面。其它一些比較特異的分析包括多組數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析、多pathway延伸分析、磷酸蛋白激酶預測分析、互作網(wǎng)絡(luò)及生物調(diào)控模型構(gòu)建分析。
問題5：小鼠腦脊液做lable free是否需要去除高豐度蛋白，有沒有案例或者介紹下蛋白組這塊哪些樣本需要去高豐度蛋白的;
答：需要根據(jù)樣本提取蛋白后SDS-PAGE結(jié)果評估。一般血清血漿都需要除去高豐度蛋白，試劑盒成熟。其余需要根據(jù)跑膠結(jié)果來判斷。
問題6：物種沒有測序，能否做蛋白質(zhì)組呢？
答：因為當前大量的物種已經(jīng)測序，預測了相應的基因，未測序的物種可以通過近緣物種的基因序列作為數(shù)據(jù)庫進行蛋白質(zhì)組的研究。因此，一般來說，未測序物種可以考慮近緣物種的基因組序列作為數(shù)據(jù)庫，可以做蛋白質(zhì)組。
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