水樣采樣器根據應用的場合，可以分為固定式在線式采樣器與便攜式可移動采樣器以及手持式采樣器。根據是否可將水樣進行恒溫冷藏，又可分為恒溫冷藏式水質采樣器和普通不可冷藏式水質采樣器。
同時根據樣品瓶數量，可分為單樣品瓶采樣器和多樣品瓶采樣器。根據功能性，又可分為多功能自動水質采樣器和手動采樣器。
固定式在線式采樣器一般會與在線水質監測設備聯機運行，比如與在線式COD檢測儀、在線式氨氮檢測儀等實現超標留樣功能。
與數據采集傳輸儀聯動實現遠程控制采樣功能;便攜式水質采樣器一般應用于戶外或者野外的水質自動采樣。它要求采樣器體積要便于移動，稍大一些的便攜式采樣器一般會具有底輪、拉桿等附件，便攜式采樣器還需要具有備用電源。以應用于無外電源的場合，好的便攜式水質自動采樣器會具有車載充電或太陽能供電等模式;手持式水質采樣器主要進行即時采樣。例如河道、溝渠等。環保監測監察人員需即時隨地進行水樣的采集，便于取到更有效的更具有代表性的當時的水樣。
除了固定式和便攜式的，還有一些兩用的，可以做在線水質采樣，也可以便攜式水質采樣，水質采樣器采用一體式設計，整機嵌入堅固的一體式設計工具箱內，整機防水設計，外殼堅固，功能豐富，操作簡單，可全天應用。無需有復雜的專業知識，該產品非常方便用戶便攜應用，亦可在某些特定的場合作為在線采樣器使用，性價比高，滿足用戶的比較大應用需求。
恒溫冷藏式水質采樣器可以實現對水樣的恒溫存儲，因為現場采集的水樣往往比較多，間隔時間比較隨意，檢測人員不能實現實時的取樣進行檢測。因此需要將水樣置于要求的恒溫環境下以便于能夠保證水樣不變質，保證水樣測量指標的準確性代表性。
