設備的使用問題需重視，為了確保設備的正常使用，使用全排風生物安全柜一般應遵循下列的原則：
(1)超凈工作臺≠生物安全柜。超凈工作臺看似和生物安全柜非常相似，但超凈工作臺只保護工作區的樣品免受外部環境污染，并不能保護操作人員。
(2)請勿使用生物安全柜處理有毒、易燃、易爆等材料。
(3)應避免使用明火。因明火產生的熱效應會干擾生物安全柜操作區內的氣流穩定，且火焰熱氣會影響濾器的壽命。如必須使用，可根據需要選取即用即燃式滅菌器具或微型接觸式燃燒器。
(4)請勿在生物安全柜內擺放過多物品，否則會影響安全柜氣流和安全性能。
(5)合理選擇生物安全柜的安裝地點。應當盡量遠離外部氣流干擾因素，例如門窗、空調通風口、人員過道以及其他實驗室氣流干擾設備(安全柜、通風櫥等)。
(6)生物安全柜中一般不需要紫外燈。如果使用紫外燈的話，應該每周進行清潔，以除去可能影響其殺菌效果的灰塵和污垢。
(7)在安全柜使用前后，請按照程序為安全柜進行表面除菌。使用適當的消毒劑，例如70%的異丙醇溶劑擦拭安全柜的工作區表面，包括前后的近期格柵。
(8)注意安全柜自凈周期。開啟關閉安全柜時，讓安全柜自主運行3-5分鐘的自凈周期。這個自凈程序可以清除安全柜的工作區域內可能存在的經空氣傳播的污染物。
(9)確保安全柜在工作時前窗處于正確的額定操作高度。
(10)正確著裝為操作中提供必要保護。當進行高危險性操作，例如生物安全水平2+到3級操作時，應選用長袖、背面開口的*和兩副手套，并確保外層手套套住*袖口。不能有暴露在外的肌膚。
(11)在安全區域內進行操作。切勿阻塞工作區前后的通風格柵。盡量在工作區的中心部位進行操作。
(12)遵循清潔區到污染區的操作原則。生物安全柜的工作區應該被依次劃分為三個區域：清潔區、工作區和污染區。生物危害性廢棄物袋應放置在污染區內；實驗儀器和樣品應放置在工作區域；而實驗供給品應放置在潔凈區內。在工作臺面上的實驗操作應該按照從清潔區到污染區的方向進行。
