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蛋白胨分子的測量是一個非常縝密的過程，尤其是測量大豆蛋白胨時一旦某一個地方出現錯誤就導致測量必須從頭再來，下面我們就簡述一下測量的過程。
首先將電泳槽進行安裝，干燥的兩塊玻璃板裝入配套塑料夾套內，垂直固定在電泳槽上，周邊用百分之一點五的瓊脂密封；然后就是要樣品處理了，將各種標準蛋白胨和待測樣品分別溶于濃度為2mg/ml的蛋白胨處理液中，在沸水中加熱3到4分鐘，待冷卻后作點樣用；zui后也就是zui重要的一步是制膠選擇合適的膠濃度按下表配制百分之七點五的分離膠，混合后將其沿長玻璃板加入兩塊玻璃板之間，千萬要注意玻璃板之間不要產生氣泡，加到距短玻璃板上邊緣三厘米處，立即復蓋二到三毫升的水層，靜止聚合約四十分鐘左右。蛋白胨膠聚合好的標志是膠與水之間形成清晰的界面。吸取分離膠的水分，將配制好的濃縮膠注入分離膠之上，立即插上有機玻璃的點樣槽模板，待蛋白胨濃縮膠聚合好備用。
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