污水消毒是指對被病原體污染的下水的消毒，為處理污水的重要措施之一。被病原體污染的下水主要來源于醫院、微生物實驗室、獸醫院、飼養場、皮毛廠、屠宰廠和肉食加工廠等單位。此類污水每毫升含菌總數多于數百萬至數千萬之間，zui高可達十幾億之多，其中常有大量病原體。含病原體污水不經水箱自潔消毒器、水箱消毒器、水箱自潔器、紫外線消毒器處理，直接排入江河或用于灌溉，可使環境嚴重污染，因此引起的傳染病暴發流行，屢見不鮮。我國規定，醫院污水水箱自潔消毒器、水箱消毒器、水箱自潔器、紫外線消毒器消毒處理，需連續三次檢驗，每次采樣500ml，腸道致病菌和結核桿菌陰性，大腸菌群數低于500個/L時，始可排放。其他有病原體污染場所的污水排放，也應參照該標準執行。

水箱自潔消毒器、水箱消毒器、水箱自潔器、紫外線消毒器污水消毒方法與飲用水基本相同。因其含大量有機懸浮物，多先經沉淀、生物凈化等措施后再消毒處理。如只經沉淀，稱一級處理; 經沉淀與生物凈化則稱二級處理。

通常，污水經沉淀池沉淀后細菌可減少25～75%，病毒顆粒減少80～90%，蠕蟲卵減少92～97%。由于病原體可隨沉淀轉入污泥，故對污泥亦應進行消毒、發酵、干化以及堆肥等無害化處理。我國規定，經水箱自潔消毒器、水箱消毒器、水箱自潔器、紫外線消毒器消毒的污泥或糞便，取10g樣本檢驗，腸道致病菌與結核桿菌陰性，大腸菌群數少于100個/g，蛔蟲卵95%以上死亡者，始可清除。污泥消毒可用氯化消毒法，或熟石灰消毒法，即每噸污泥投加熟石灰15kg。混合后30min，調整pH值至12，放置一周再清除。至于對污水本身的處理，目前常用有： 氯化、臭氧與水箱自潔消毒器、水箱消毒器、水箱自潔器、紫外線消毒器等消毒法。