湖泊水污染來源主要是兩大類，一類是工業廢水和生活污水的點源污染，一類是農業的面源污染。 細胞生長所需的大量元素主要是C、H、O、N、P，污水處理的一個主要任務是去除這些元素以防止細菌等微生物大量繁殖。其中H和O我們沒有辦法處理，所以生活污水處理中，我們主要處理的是C、N、P。C指有機物，一般以COD和BOD的形式表征，在生活污水處理中有機物的去除是比較簡單的，通過活性污泥法培養大量細菌吃掉這些有機物，但是工業廢水中由于含有大量難降解有機物，譬如含苯環的，通常較難處理。N和P又被稱為營養元素，去除C之后，細菌一般難以大量繁殖，但是藻類等自養生物可以利用二氧化碳合成有機物，這時N和P就成為限制它們生長的重要因素，因為是合成蛋白質和DNA、RNA的必需元素。 當水體中富含有機物(C) 時，細菌大量繁殖，消耗水中氧氣，造成水體厭氧環境，形成我們說的*，即發黑發臭，同時危害人體健康。當水體富含N、P時，藻類大量繁殖，消耗水中氧氣，同時覆蓋在水體表面，阻止氧氣和陽光進入水體，危害魚類繁殖，破壞水體生態。目前我國城鎮生活污水的處理基本上了軌道，只是污水處理率和達標率還有待提高，而且N、P的去除效果也亟待提高。 而工業污水的處理還需要進一步規范化、體系化，尤其是鄉鎮企業。工業廢水，如造紙、印染、電鍍廢水等，產生的難降解有機物和重金屬有機物都是難以被生物降解的，故而可以通過生物鏈的富集作用直接危害人體健康。 與城鎮工業廢水和生活污水通過管網的集中排放不同，農業污染，譬如過量氮肥、磷肥、農業藥劑以及牲畜養殖等，污染面廣，濃度較低，難以集中處理，被稱為面源污染或非點源污染。農業污染的后果主要是N、P過量造成的水體富營養化，其次農業藥劑殘留物也屬于難降解有機物，會通過生物鏈的富集作用危害人體。 湖泊水污染主要問題或者說直觀問題是富營養化，從這方面來說，農村面源污染的貢獻已經大于城鎮污水的點源污染了。目前比較嚴重的例子是太湖和滇池。治理措施 對于城鎮工業污水和生活污水，由于是點源污染，可集中處理，即加大污水處理力度，禁止偷排等。就生活污水和大型企業來說，經濟上都是可以負擔的。小企業可以以工業園區的形式集中處理。對于農業面源污染，則比較難以控制。農村生活污水和牲畜養殖廢水（其尿液、糞便含有高濃度氮磷）缺乏統一管網，目前還是我國污水處理的盲點，當然很多地方，尤其是重點治理的地方已經建立了農村污水處理示范工程。而農田的過量施肥和過量使用藥劑，一般是通過地表徑流進入河流湖泊。地表徑流通過森林和濕地系統時，會被大量截留和截污，所以退耕還林、恢復和重建濕地對控制污染有明顯效果。污染比較嚴重的河段，為了防止其進入已經污染的湖泊，通常采用截污分流、修改河道等。 對于已經污染的湖泊，首先是人工除藻，同時加入其他微生物抑制藻類生長等；其次是工程浩大的引水稀釋、底泥置換等，會破壞湖泊生態系統；還有就是國外已經采用的化學沉淀、用泥土覆蓋底泥等方法，將營養鹽控制于湖底。總的來說治標不治本，治本還是要控制污染源。湖泊水質污染是可逆的，但是很慢，也沒有一招見效的辦法，病去如抽絲，環境污染治理也是這樣。但是病來并不如山倒，事實上污染問題也是一個慢慢累積的過程，只不過山倒之前我們都沒有意思它要倒了，近幾年出現的很多環境熱點問題，如霧霾，其實之前已經非常嚴重，但我們都沒有意識到而已，等意識到了就想要馬上治理好也是不可能的。但是要我們環保意識能有所提高，隨著政府環保政策的完善和力度的增強，水污染問題得以優化也能指日可待。
