強磁水處理對流體的作用是多方面的，其原理是使水以一定的流速切割磁力線的方式對水進行處理，通過磁場的作用降低了水的表面張力，增加水中離子的電導率，緩沖PH值使之趨向于中性等等。水的導體，當水流經于一個適當聚集的磁場時，將產生一個電動勢，這個電動勢將使水帶上直流正電荷而互相排斥、分離，這導致水的表面張力大大降低，從而使水具有溶解性，這樣水能溶解更多物質，起防垢作用，水溶解性的加大也使水能溶解那些已結的水垢，起除垢的作用。
由于磁場作用，水感應出正電荷，將水中過剩的氫離子和氫根離子束縛起來，減少PH值的波動，杜絕了電解腐蝕；負電性的管道形成陰極性保護，也有效的防止管道腐蝕。
在外超磁場的作用下，水作用為電解質，在水中形成電流，由于電流的存在使活性氧增加，使細胞壁變薄，細胞液流失，破壞了水中細菌、藻類微生物賴以生存的電磁環境而導致細菌和藻類的死亡，達到殺菌滅藻的功能。
