在袋裝食品的殺菌保鮮問題上，因微波的穿透性加熱、時間短、不破壞營養成分和低溫殺菌等特點，呈現出明顯的*性。采用2450兆赫微波設備，對袋包熏魚、叉燒、麻雀、肉松等熟食品的殺菌處理，細菌殺滅率在95%以上。實踐表明微波殺菌可廣泛用于各種熟食品（魚、肉、豆制品、醬菜等）和飲料。近年來魚片干的市場需求不斷增長，部分產品還遠銷國外，但*以來均因缺乏有效殺菌手段而出現產品霉變現象，采用2450兆赫10千瓦微波處理設備，不僅具有加熱干燥功能而且有殺菌滅酶效果，現已廣泛應用于魚片烘干和熟化烘烤，節能效果50%以上，魚片酥軟可口。
         對于袋裝或瓶裝食品，微波憑借*的穿透力，能穿透包裝和包裝內的食品、藥品進行干燥殺菌，而包裝材料如PET塑料、玻璃、紙張、陶瓷等，因其不吸收微波，所以不會發熱，這樣產品更衛生，避免二次污染。不過需要注意的是，由于金屬、鋁箔可以反射微波而不被穿透，所以包裝材料不能采用金屬材料或者含有金屬成分（如貼有鋁箔的塑料薄膜）。其次，用微波處理袋裝或瓶裝藥、食品時，因包裝內的食品、藥品會發熱，造成氣壓升高，如果*密封且氣壓過大，氣壓可能會沖破包裝。解決的方法有：
1、先用微波殺菌然后迅速密封或加蓋。
2、密封后放置要壓力容器內再用微波殺菌。
3、真空包裝后再用微波殺菌。

安全問題
美國*軍醫局長辦公室、原子能管理委員會、美國*、食品與藥物管理局和其實部門已對有關輻射食品、藥品的安全性能的復雜性作了研究，一些組織也有類似關于食品、藥品的安全性的研究。除了從微生物學觀點看安全外，這些研究還涉及：
1、輻射處理對食品、藥品營養價值的影響
2、輻射可能產生的毒性物質
3、輻射可能產生的致癌物質
4、可能產生的有害放射性
5、這些研究已取得*結論：不會產生不安全產品，特別是低劑量輻射已被用于巴氏殺菌，控制蟲類和抵制發芽。     
    從我國情況來看，目前微波爐已經由奢侈品變成大眾用品，非典時期有的單位甚至購買大批微波爐作為“防非”用品發給員工，用以殺菌消毒，這說服使用微波爐是相當安全的。