實驗室通風系統有實驗用的通風柜排風和室內平時排風兩種，通風柜排出實驗中產生的有害氣體(臭氣、濕氣以及易燃、易爆、腐蝕性氣體)。以前通風柜是作為實驗臺的輔助設備，而目前實驗臺上進行的實驗逐漸轉移到了通風柜內，通風柜具有排放功能、小倒流功能、隔離功能、補風功能等，減少工作人員暴露在危險空氣下的可能。通風柜的類別很多，包括實驗臺、邊臺、、器皿柜等，這些通風柜是實驗室設備中重要的設備。但它并不是室內的排風裝置，實驗室還有平時排風口，布置在儀器室或產生危險物質的儀器上方。
分開排放：實驗室通風系統的設置原則是有毒、無毒分開排放，有機物、無機物分開排放。根據各學院實驗室的實際情況，每個實驗室排風系統基本是單獨設置的，少部分實驗室排風系統是同層相同功能房間的多臺并聯系統。
共用系統：實驗室通風柜排風與室內排風共用一套排風系統(風管及風機)。風機風速有三擋(或為變頻風機)，低速時為室內平時排風，中速時為通風柜排風，高速為室內平時排風加通風柜排風。風機設置在屋面，排風管為負壓，*避免有害氣體在室內泄露。
補風系統：各通風系統均配有排風補風系統。低速排風時的補風由室內人員新風補充。通風柜補風量大，為避免大量抽用房間內空氣，造成能源的浪費，采用了帶補風的通風柜，補風由室外直接供給。補風管設電動風閥，與通風柜排風聯動，通風柜排風時抽吸室外風補風。補風在柜內循環后排排除室外，設計中大部分通風柜選用了上部排風和通風柜后側補風的形式。
速度控制：對通風柜操作面的吸入風速進行控制，防止有害氣體逸出。對一般無毒的污染物風速控制為0.25~0.38m/s。對一般無毒的危險的有害物風速控制為0.4~0.5m/s，劇毒或有少量放射性物質風速控制為0.5~0.6m/s。為了確保通風順暢，排風機應有必要的靜壓。另外，確定排風風速時還必須注意噪聲問題，通風管道內流速以5~8m/s為限。
排風變頻：一些有特殊排風要求的實驗室(例如有、安全柜的實驗室)，其排風機配置變頻器，實現24小時不間斷排放。