生物過濾工藝是利用有較強吸附能力的填料如松樹皮、活性炭、陶粒、堆肥等完成對廢氣污染物的吸附，填料中有大量的微生物，微生物通過吸收捕獲廢氣中的污染物，通過微生物的代謝作用完成對污染物的降解。
在生物過濾器工藝中，廢氣先通過加濕，然后進入生物過濾床。濕潤的污染氣流通過固定有混合菌種的多孔填料，經凈化后氣體被排出生物過濾器系統。生物過濾器一般不需要額外補充營養物質(營養不足時，可以偶爾噴灑，主要是補充氮源或者是磷源)，這是因為生物過濾器的填料通常是土壤，堆肥，泥炭，木屑，樹皮，顆粒活性炭和塑料材料或者數種材料混合使用，所以本身就為微生物的生長提供了足夠的營養以及微量營養素。生物過濾器中填料大多包含豐富的菌種，當然也可以額外接種微生物。生物過濾工藝的核心是生物過濾床，理想的生物過濾床應有如下重要特征：(1)用于微生物膜生長以及氣/生物膜傳質的高比表面積；(2)高空隙率，以促進氣體均勾分布；(3)良好的保水能力，避免床層干燥；(4)存在有效的固有營養物質；(5)存在密集的和多樣化的固有菌群。
