化學合成方法與生物化學方法之間有著顯著的差別，材料和方法上非常小的改變常常會在所獲得的產(chǎn)物以及保證可靠的合成路線之間造成差別。下面介紹幾個zui可能引起故障的經(jīng)驗問題。
1．溶劑
大多數(shù)用在化學合成中的商品試劑都不夠純。因此使用前應(yīng)該進行純化（常用方法：蒸餾）。對于“專為合成DNA純度”的溶劑也要檢查其顏色（幾乎所有的液體都是無色的）及透明度（顆粒將阻塞多孔玻璃，分子篩塵埃將造成合成失敗）。大多數(shù)有關(guān)的雜質(zhì)是水、酸、堿和金屬離子。
水：對吸收水的化學試劑蒸餾一次，大多數(shù)溶劑的水分將會減少到10btg／g或更少。因為在偶聯(lián)步驟中允許少量水的存在，故這種水分含量的溶劑可用于合成。許多溶劑都是吸潮的，因此所有溶劑的容器都應(yīng)該塞緊，只能短時打開，通常沒有必要在氬氣中儲存。
酸和堿：氯化的碳氫化合物常含有微量鹽酸，在合成期間會使二甲氧基三苯甲基損失。通過下列方法可以進行檢測：在5ml溶劑中溶解lmg的5，—O—二甲氧基三苯甲基脫氧核糖核苷酸衍生物，測定495nm處的吸收值，應(yīng)該沒有吸收。極性溶劑中的一級和二級氨能切斷寡核苷酸與載體之間的鍵，可以用茚三酮試驗檢測。
金屬離子：雖然溶劑中沒有這一問題，但作為干燥劑的分子篩含有大量的鐵。有些溶劑從分子篩中濾出三價鐵離子，這種分子篩與DNA鍵合，引起堿基修飾和核苷酸間的切除。其他金屬離子可能也是有害的。
2．試劑
DNA合成時，脫氧核糖核苷單體中小量的高反應(yīng)活性的雜質(zhì)造成的影響非常大。應(yīng)用大量過量單體，擴大了雜質(zhì)的影響。檢測比較困難，但應(yīng)該引起高度注意。在催化劑、偶聯(lián)劑和脫保護劑中的雜質(zhì)一般影響較小。
3．儀器
DNA合成可以用很多不同類型的儀器進行，總的原則是既能應(yīng)用于磷酰二酯法，也可用于亞磷酰胺三酯法。儀器一般分為4種類型：手動、半手動、半自動化和自動化（DNA合成儀）。DNA合成儀減少了合成所需的手工勞動，但是儀器并不能取代人，機器的錯誤是隨著儀器本身的檢察能力而變化的。甚至的儀器都還沒有能夠準確地分析一個合成的成功與否或者根據(jù)提供的信息作調(diào)整的“反饋控制”。因此儀器并不是真正的“自動”（注意：測量釋放的DMT基團僅僅是一種機械的檢查，對可獲得的產(chǎn)物量不是可靠的指導(dǎo)，只是對鏈擴增的效率有指導(dǎo)作用）。總之，無論選擇哪種類型的儀器，接觸溶劑的部分選用玻璃或是聚四氟乙烯材料。
