燃油濾清器有柴油濾清器、汽油濾清器和天然氣濾清器類、柴油濾清器的結構大致與機油濾清器相同，有可換式和旋裝式兩種。但其承受的工作壓力和耐油溫要求較機油濾清器低得多，而其過濾效率的要求卻比機油濾清器高得多。柴油濾清器的濾芯多采用濾紙，也有采用毛氈或高分子材料的。
　　
　　柴油濾清器除過濾柴油中的機械雜質外，還有一個重要的功能就是濾水，為實現較高分離效率，目前多采用兩級式過濾方式，一級為油水分離器，一級為柴油精濾器。水的存在對于柴油機供油系統危害極大，銹蝕、磨損、卡死甚至會惡化柴油的燃燒過程。柴油濾清系統的除水方式在機械燃油系統主要是沉淀，到國三以上排放時代，柴油發動機多采用高壓共軌燃油系統，除水方式多采用濾紙。目前滿足國三以上排放發動機要求的水分離器多為外企企業生產，如博世（BOSCH），曼胡（Mann-Hummel），帕克（Parker），國內品牌有達菲（DIFITE）。
　　
　　汽油濾清器有化油器式和電噴式之分，使用化油器的汽油發動機，汽油濾清器位于輸油泵進口一側，工作壓力較小，一般采用尼龍外殼，電噴式發動機的汽油濾清器位于輸油泵的出口一側，工作壓力較高，通常采用金屬外殼。汽油濾清器的濾芯多采用濾紙，也有使用尼龍布、高分子材料等、